出處文珠法師文集
藥師琉璃光如來本願功德經講義目錄
一、前言
二、解釋經題
三、介紹譯者
四、敘述本經的緣起
（一）六種成就
（二）文殊啟請
（三）釋尊許說
五、正說如來的本願
（一）生佛平等正報莊嚴願
（二）身光破暗開曉眾生願
（三）智慧方便滿眾所欲願
（四）令邪歸正導小向大願
（五）令修梵行得戒清淨願
（六）令諸殘疾六根具足願
（七）除病苦得身心安樂願
（八）女轉男身得滿菩提願
（九）化導魔外攝入正見願
（十）解脫災難令離憂苦願
（十一）饑渴眾生得妙飲食願
（十二）貧乏眾生得妙衣服願
六、琉璃世界的莊嚴
（一）國土清淨
（二）眷屬莊嚴
（三）勸信願生
七、本願功德的殊勝
（一）聞名滅罪免墮惡道
（1）滅慳吝貪惜罪
（2）滅犯戒謗法罪
（3）滅嫉妒毀他罪
（4）滅鬥訟咒詛罪
（二）持名增福得生善處
（1）得生佛國益
（2）上生天界益
（3）貴為人王益
（4）轉生男身益
（三）持咒治病終成菩提
（1）佛觀病苦入定說咒
（2）持咒治病得滅苦益
（3）持咒滿願得延壽益
（４）持咒往生得菩提益
（四）供養消災獲福免難
（1）供養三寶得護念加持
1.供養三寶
2.諸佛護念
3.諸天守護
4.免諸橫死
（2）受持法門可獲福免難
1.受持方法
2.受持獲福
3.受持免難
A.免百怪出現難
B.免一切怖畏難
C.免外侵內亂難
D.免毀犯墮落難
八、問答除疑勸信受
（一）問答決疑顯能信希有
（１）佛問阿難
（2）阿難答信
（３）不信之失
（４）無疑免墮
（5）能信希有
（二）結佛德無盡勸人生信
九、受持可延壽解難
（一）救病危得續命延年
（１）病危垂死
（２）神識受審
（３）受持延命
（４）結勸受持
（二）供養修福解諸厄難
（1）藥師法門受持儀式
（2）受持八法解救國難
（３）除眾病苦解脫厄運
（４）修諸福德可免九橫
（５）結勸受持免遭眾難
十、藥叉神誓願護法
（一）藥叉大將感恩護法
（二）釋尊讚勸利樂有情
十一、問經名受持流通
（一）阿難請問經名
（二）大眾信受奉行
藥師琉璃光如來本願功德經講義
一、前言
在佛所說的經典中，很多都顯示世間無常，四大皆空，五蘊無我，教人提高警覺，展現理性，認識真我；免被假我的蒙蔽，與私慾的牽制，起惑作業，流轉生死。所以一個真正學佛的人，不可以貪戀世間物質的享受，應該放棄個人名利財富的追求，收攝身心，遠離五欲；然後以「寡慾知足，安貧樂道」的態度來修學佛法，謀求結束生老病死的痛苦，解脫種種煩惱的束縛。還要在不斷提升自己的同時，推己及人，自覺覺他，利樂有情，希望「我與眾生，共成佛道」。
唯獨本經，特別重視人間福利事業的發展，以及致力解救人類種種災難與不幸，先用權巧方便的手段，令眾生所求皆遂，獲得現生的福樂，在滿足、富裕的環境中，過著平安快樂的生活；然後運用佛法的妙藥，治療眾生累劫積迷的心病。既啟發人的正智，教人知因識果，捨邪歸正，止惡行善，免墮三惡道；又教人布施持戒，修習禪定，開發智慧，積聚福德，直至福慧具足，圓成佛道，與佛一樣，平等無二。所謂：「先以欲鉤牽，後令入佛慧。」使未能捨離五欲享受的富貴人家，也能發菩提心，行菩薩道，廣修福慧，乃至得不退轉，終證菩提；將世間可能障礙修行的名利財富，變作菩提路上的助道因緣，正是：「巧把塵勞作佛事」，打破一般人「富貴學道難」的觀念，是何等的殊勝？可以說：本經是人類康樂富裕的寶庫，是創造人間樂園的藍圖；亦是建設人間佛教的基礎，是通往菩提覺道的橋樑。我們欲想推動佛教濟世益群的事業，令所有人都消災障，增福壽，健康富裕，身心安樂，固然要受持讀誦本經；欲想建立人間佛教，促進人性的覺悟，令所有人都開佛知見，斷煩惱，了生死，成菩提，究竟離苦得樂，更要受持讀誦本經，以及修學本經所說的藥師法門。
二、解釋經題
阿難請問經名，釋尊答此經名有三：一名《說藥師琉璃光如來本願功德經》；二名《說十二神將饒益有情結願神咒》；三名《拔除一切業障》。中文各種譯本，經題雖有出入，但大都不離第一名題的範圍。今依玄奘法師的譯本，經題是：「藥師琉璃光如來本願功德經」。藥與琉璃光是譬喻，師與如來是人，本願功德是法，故本經的別題，在三單（單人、單法、單喻），三複（人法、人喻、法喻），具足一（人、法、喻）的七種立題規則中，是具足人、法、喻三種而立名。
梵音「鞞殺社窶嚕」，義譯名「藥師」；藥有治病之功，師有教導之義，故凡能知藥，能配藥，能教人用藥治病的人，皆可以名為藥師或醫師。藥有良藥，有毒藥，也有無上的法藥。能解除病苦，有益人身心的是良藥；損人健康，危害人生命的是毒藥；不止治標，還能治本，令人身心康復的是法藥。醫有庸醫，有良醫，也有無上大醫師。精通醫術，能對症下藥，藥到病除的是良醫；醫術不精，用藥不當，損害病人健康的是庸醫；若能知病知藥，標本俱治，身心兼顧，令人身心都健康的，就是無上大醫王。
藥師如來，不僅知法知機，知病知藥，而且能對症下藥，既可以醫治眾生生理上的種種疾病，還可根治眾生心理上無明煩惱的舊患。可以說：無病不醫，無疾不治，無苦不拔，無樂不與；標本俱治，令人色身健康，慧命增長，甚至法身康復，故名「藥師」，用以譬喻佛悲心救苦的德行。
梵音具足言：「薜琉璃，?喇婆喝囉闍也」，略稱「琉璃」，是一種青色寶，其體質堅固，其色如蔚藍的天空，又如澄清的海水，內外明徹，光能照物，因名琉璃光；用來譬喻佛由般若智光，掃除無明惑染的黑暗，照徹真如法界，親證諸法實相理，理智合一，光明遍照。此理智合一的心光，又名無分別智，佛依此無分別智，能出生分別一切差別相的分別智（後得智），故此心光，又名根本智。藥師佛以根本智證實相理，得佛果菩提；用後得智入俗利生，分別眾生不同的個性與病情，而施與種種不同的法藥，能夠徹底拔除眾生身心的重病，故名「藥師琉璃光」。
「如來」，梵音「怛他揭多」，是佛十種通號之一。諸佛共證真如理，佛佛道同，謂之「如」；諸佛無不倒駕慈航，來人間說法利生，示現有生滅去來，謂之「來」。在藥師佛言：「如」是指琉璃光，譬喻佛智證理，如同十方諸佛；「來」是指藥師，表示佛本慈悲心，來入世間救濟眾生，施與種種法藥，普令眾生，離苦得樂；故藥師琉璃光如來的名號，正是顯示佛超越的智慧，與廣大的慈悲。
又藥師是解脫德，琉璃光是般若德，如來是法身德；法身是體大，般若是相大；解脫是用大。藥師如來成菩提時，圓證三德，具足三大，但三大不離一心，一心具足三大，三一圓融，不可思議，因此佛名：藥師琉璃光如來。稱念佛名的人，可以消災障，增福壽，故又名消災延壽藥師佛，但我們持名念佛時，應該念「南無藥師琉璃光如來」。
「本願功德」，是指佛因中行菩薩道時所發的誓願，及其由願行功力，所成就佛果上的功德。諸佛因中修行所發的誓願，有通有別，通則指四弘誓願，即：「眾生無邊誓願度，煩惱無盡誓願斷；法門無量誓願學，佛道無上誓願成。」以及《十地經》所說，菩薩應發供養、受持、轉法輪、修二利行、成熟眾生、承事、淨土、不離、利益、成正覺等十大行願。別是指諸佛修行時，個別所發的宏願。如千手觀音的六願及十願，普賢菩薩的十大願王，又如阿彌陀佛的二十四願與四十八願，釋迦牟尼佛的五百願，以及棠藥師七佛如來的四願，八願，十二願，乃至十方諸佛，各有其基本不同的宏願，謂之本願。
本願，必須修諸功德，憑藉種種功德的力量，方可得遂本願，所謂：「以願導行，以行滿願。」如是願行相扶，始可成就功德；若然有願無行，則願屬虛發，無濟於事。但行有正行，有助行，有共同的修行，亦有個別的修行；諸佛菩薩因中修行，除同發四弘誓願，共修學六度、四攝等大乘法門外，還依據本願個別而修行，是以成佛時其證理雖然一致，但其依正莊嚴，種種殊勝功德，卻彼此互異，故言：「本願功德」。藥師如來，既發十二大願，又能依願起行，由願行的功力，圓滿成就佛果上的殊勝功德；所以本經的別題，是《藥師琉璃光如來本願功德》。
「經」之一字是通題，通於佛所說的一切經典。梵言「修多羅」，譯名「契經」，意思是凡佛所說的一切言教或身教，無不上契十方諸佛所證的真理，下契一切眾生的根機。以其契理故，放之四海而皆準；以其契機故，歷萬世而恆新。不因時代的轉變而被遺棄，不因地理環境的互異而不適應；永遠能作為眾生的模範，社會的軌則。若然人皆能以佛法，作為生活的指南，以佛教的真理，作為社會的規則，一定可以遠離罪惡，拋棄災難，令社會安定繁榮，使群眾幸福快樂。特別是若能依照本經所說的法門，如法受持，則無論是任何時代，任何國家，任何種族，都可以所求皆遂，遇險得救，遇禍成祥，甚至消業障，增福壽，成佛道，究竟離苦得樂，故名《藥師琉璃光如來本願功德經》。
藥師琉璃光是教，如來是理，本願功德是行，由萬行之因，而成就佛道的殊勝功德是果；是以本經的經題，概括教、理、行、果。教是了因佛性，理是正因佛性，行是緣因佛性。正因雖然本具，但必須由緣了二因方顯；故本經所顯的理體，是以藥師如來全性起修，全修契性，性修不二為主體；以福慧二嚴，成就佛道為宗旨；以滅惡生善，拔障利樂為功用；以方等為教相。
三、介紹譯者
唐三藏法師玄奘奉詔譯，是本經的譯題。唐，是譯經時代，指中國唐朝；三藏法師，是譯經者的德號；三藏，指佛所說的經、律、論三大類的聖典。經能令人明心見性，屬定學；律能規範人的三業，屬戒學；論能令人分辨邪正，屬慧學；戒定慧三學，是佛法的總綱，故舉三藏即總括全部佛法。今言三藏法師，意思是說：翻譯此經的人，并非普通一般的譯師，而是能夠精通經、律、論三藏經典，自己以三藏佛法為師，又能弘揚三藏佛法，為人天之師的大法師。
玄奘，正是三藏法師的名號，本經的譯者。關於唐三藏西天取經的故事，在中國舊社會中，婦孺皆知。不過傳說中的玄奘法師，與佛經記載頗有出入，在本人拙作《一個偉大的留學生》中，曾將其偉大的事蹟介紹相當詳盡。法師俗姓陳，是中國河南人，出身於書香門第，幼年即聰慧好學，自從跟二哥長捷法師出家後，即遍參名德，研究經論，因當時佛教宗派很多，傳授各異，深感困惑，於是立志親往印度遊學。在中國唐朝貞觀元年，偷度玉門關，爬雪山，越峻嶺，歷盡艱辛，終於到達印度，遍遊諸國，苦學十多年，然後於唐貞觀十七年間，榮譽歸來，即奉唐太宗之命，在長安弘福寺，展開翻譯經典的工作。先後譯出經典共七十三部，一千三百三十多卷，與舊譯泰斗羅什法師，平分譯經天下，在譯經史上，寫下光輝燦爛，永垂不朽的一頁。此經是在當年奉皇帝的命令而譯的，因言：「奉詔譯」。
本經翻譯為中文，共有五種譯本：
一、是中國東晉時代，吉友法師初譯此經：名「佛說灌頂拔除罪過生死得度經」，無獨立本，是附加在「佛說灌頂大神咒經」中，屬最後一卷。
二、是中國南北朝孝武帝時代，慧簡法師在鹿野寺再譯此經，名「藥師琉璃光經」，但已失傳，不過在古藏經目錄中，尚載其名，又在第三譯本序文中，亦曾述及此事，故信有此譯。
三、是隋朝文帝大業十一年間，法護法師因慧簡法師，梵文譯華語欠佳，故復譯此經，名「佛說藥師如來本願功德經」。
四、是唐朝玄奘法師，奉唐太宗之命，又譯此經，名「藥師琉璃光如來本願功德經」。
五、是義淨法師於遍遊印度歸來時，復譯此經，名「藥師琉璃光七佛本願功德經」。其內容與奘師所譯的互有出入，特別是詳載佛說七佛名號，及其本願功德，依正莊嚴等，則為奘師譯本所無。
原因是七佛因中行菩薩道時，所發宏願，雖然數目不等，但同是注重人間資生事業與現世福樂，同是本其慈悲願力，消眾生的業障，救眾生的病苦，除人間的種種災害與禍患，令眾生轉疾病為安康，轉禍患為吉祥，免諸苦難，增福延壽，因此同名藥師佛，又名藥師七佛如來。而藥師琉璃光如來的十二大願，已包括前六佛所發的四願與八願，是以奘師略而不譯。由於中國人喜歡簡略，故玄奘法師的譯本，在中國弘傳至廣，現在講解此經，就是採用玄奘法師的譯本。
四、敘述本經的緣起
（一）六種成就
如是我聞，一時薄伽梵，遊化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下，與大苾芻眾八千人俱；菩薩摩訶薩三萬六千；及國王、大臣、婆羅門、居士、天龍八部、人非人等，無量大眾，恭敬圍繞，而為說法。
講解此經，可分為序分，正宗分，與流通分三大段。自如是我聞以下，是序分；自佛告曼殊室利東方去此以下，是正宗分；自「爾時，阿難白佛言：世尊！當何名此法門」以下，是流通分。
序分中又可分為通序與別序，通序又名證信序，用以證明此經的真實性；別序，是說明佛說此經的因緣。以上這段經文，屬於通序，亦即是六種成就。「如是」是信成就；「我聞」是聞成就；「一時」是時成就；「薄伽梵」是說法主成就；「遊化諸國，在廣嚴城樂音樹下」，是處成就；「與大苾芻眾八千人俱。…」以下是眾成就。如是以信、聞、時、主、處、眾等六種成就，證明此經確實是佛金口親宣，是阿難親從佛聞。如現代的會議紀錄，必須要紀錄開會的時間、地點、出席人數、主席、書記，以及討論的議案等等，以示有史實可查，以取得大眾或後人的信任，甚至可作為法律效用的依據。
「如是我聞」，是阿難秉承佛囑，在結集佛經時，一切經的開始，皆用「如是我聞」四個字，以異外道典藉，以釋爭端，以除眾疑。意思是說：如此經中所說之法，是我阿難親從佛處得聞，非輾轉傳說，途聽道聞，或從天魔外道處得聞。又「如」是約諸佛所證的真理，「是」是約諸佛所說的言教；諸佛所說的言教，一定契合諸佛所證的真理，值得我們絕對的信任，故言如是。
「我」有妄我，神我，無我，假我，真我，及自在我等不同。凡夫執相迷性，妄認四大五蘊組合而成的色身為我，其實此五蘊色身，緣聚則生，緣散則滅，生滅無常，幻妄不真，只是迷情眾生妄想執著而已，故謂之妄我。
外道於組合色身的五蘊法中，一一妄計有四種我：例如於色蘊中，執即色是我，或離色是我，或我大色小，色在我中；或色大我小，我在色中。其餘受、想、行、識，亦如是分別計執。又過去有我，現在有我，未來有我，再加斷常二見，共成六十二種神我。
出世二乘聖人，知道四大皆空，五蘊無我，破我執，證偏空理，謂之無我，是約真諦理言。
菩薩雖知五蘊無我，但為了入俗利生，不妨以「我」為五蘊和合假相的代名詞，隨順世間，假名為我，是約俗諦理言。
諸佛菩薩，親證諸法實相理，真俗圓融，空有不二，是即法身真我。
諸佛果後施教，從體起用，分身塵剎，現大現小，一多無礙，是自在我。
今阿難稱我，若論本門，該是法身真我，若在?門，該是假我。
「聞」是耳根與聲塵對立，引發耳識聞音，加以意識了別音義而成聞。在世俗諦言，六根與六識只是個人的別相，我則是六根六識的總體，因此，不說耳聞而言我聞。
「一時」，是明佛說此經之時。因為世界各地，區域不同，曆法不一，年月日時，隨之而異；何況佛說法有時在人間，有時在天上，或在龍宮，各處時差距離甚大，故佛經往往不說某年某月某日，僅以一時二字，概括佛開始講此經，直至法會圓滿結束的那一段時間，總名一時。
「薄伽梵」是梵語，簡譯為世尊。有人認為佛的十種通號，是由如來計起，至佛字止，世尊二字，則是總稱佛的德號。因為「薄伽梵」含有尊貴、吉祥、端嚴、熾盛、名稱、自在等六義，屬於多含不翻，故此經保留原音。
「遊化諸國，至廣嚴城，在樂音樹下。」是指佛說此經的地點。釋尊最初在菩提樹下，成等正覺，於三七日中，為法身大士，說華嚴大教之後，為接引鈍根小智人，即隱實施權，到鹿野苑，為五比丘三轉四諦十二行法輪，然後遊化摩竭陀，迦蘭陀…等十六國，有一次來到「廣嚴城」。廣嚴城梵語是毘舍離，因此國地廣物豐，亭臺樓閣，市容莊嚴；而市民既生活富裕，又能以道德學問嚴飾自己，因名廣嚴。當時佛是住在此城外的「樂音樹下」。此處屬於郊區幽雅別致的樹林，微風吹來，樹枝作出種種自然音響，猶如天人奏樂，令人喜歡樂聞，因名樂音樹；佛於此林間停留，在樹下結跏敷坐，故言「住樂音樹下」。
「與大苾芻眾八千人俱，菩薩摩訶薩，…」以下是引法會大眾為證。其他諸經，不止舉其類，明其數，還列其名，如《阿彌陀經》，列長老舍利弗，摩訶目犍連等；《楞嚴經》則除舉類明數外，還顯其位，歎其德，然後列其上首之名；今此經但舉類明數，不列其名。大苾芻是小乘的一類，菩薩摩訶薩，是大乘的一類，國王大臣等是人天乘的一類。
「苾芻」，是比丘的異譯，含義與比丘同，含有乞士、怖魔、破惡等三義，屬於多含不翻。又《大智度論》言：「苾芻」是印度一種草名，此草具有五種特性：一體質柔軟，譬喻出家人能折伏粗暴行為，身心柔和；二蔓延四週，譬喻出家人能傳法度人，連綿不絕；三馨香遠聞，譬喻出家人戒德芬芳，為眾人所聞；四能治療痛症，譬喻出家人能斷煩惱，貪瞋不起；五不背日光，譬喻出家人常向佛日，智慧光明。因此出家男眾名苾芻，女眾名苾芻尼。
「眾」即是和合眾，是僧伽的譯義，此八千人等不止能修事和（見和同解，戒和同修，意和同悅，口和無諍，身和同住，利和同均），且已同證理和，轉凡成聖，得四果，證?槃，為眾比丘的上首，故言大比丘。其實，當時共同聚集在樂音樹下的比丘眾，不止八千之多，今但舉其年高德長，已斷煩惱，證阿羅漢果的大比丘為代表，故言「大比丘眾八千人俱」。此外，亦應該有比丘尼眾，不過在出家五眾中，以比丘為主體，故但舉比丘為出家眾的代表。
「菩薩摩訶薩」，是一類能紹隆佛種，助佛轉法輪的法身大士。梵言「菩提薩埵」，譯名覺有情。凡已經覺悟佛性本具，又能發心上求佛道，下化眾生的有情，皆可稱為「菩薩」，所以菩薩有初發心的凡夫菩薩，亦有淺位的與深位的聖人菩薩。今言摩訶薩，簡非初發心的凡夫菩薩，亦非位在十住、十行、十回向三賢位的淺位菩薩，而是已登十地，甚至證等覺的深位菩薩，故言：「菩薩摩訶薩」。此等為菩薩眾代表的大菩薩，其數共有三萬六千之多。當然，亦有其他無量無數的菩薩在座。
「國王，大臣，婆羅門，居士」，是在家的佛弟子。國王是一國之主，大臣，是國王的輔助，包括文武百官在內。婆羅門譯名淨裔，是佛未出世之前，印度四種階級中，最權威的宗教家，專門執行祭祀的職務，由於當時印度社會，極度重視拜祭，因此產生一類地位特殊的祭師。居士，是擁有無量財富的資產階級，為工商界的領袖，屬於當時社會的優秀份子；不過中國每稱在家學佛的人為居士，意思是居家之士，是不符合居士原本的意義的。現只舉出在座有地位、有份量的人，作為人乘的代表，至於其他參與法會的群眾，當然還有不少。
「天龍八部」，是人乘以外的眾生。天有欲界、色界、無色界之別，三界共有二十八天。龍有四種：一是守天宮殿的龍，不落人間，二是能興雲致雨，利益人間的龍，三是能決江開瀆的地龍，四是守護轉輪聖王及大福德之人的寶藏之龍。不管是天龍地龍，都是畜生道中有不可思議神力，能護天，護人，以及擁護佛法的一類。
八部，是在天龍二部外，加藥叉、乾達婆、阿修羅、迦樓羅、緊那羅、摩?羅伽等六種異生，合名八部。國王大臣等是人，天龍藥叉等屬於非人，故言「人非人等」。人是諸佛主要教化的對象，非人是一類曾經接受佛法薰陶，發願護持佛法的善神。如是無論是小乘、大乘、人天乘，以及天龍八部，都有無量眾多，隨佛住在樂音樹下，態度恭敬，內心尊重，散佈在佛的四週，圍繞著佛，希望佛為他們宣說微妙的法門。
（二）文殊啟請
爾時，曼殊室利法王子，承佛威神，從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌，白言：世尊！惟願演說，如是相類，諸佛名號，及本大願殊勝功德；令諸聞者業障消除，為欲利樂，像法轉時，諸有情故。
這段經文是本經的別序，敘述本經發起的因緣。爾時，即無量大眾，圍繞於佛，渴望佛為他們說法之時；法會中有一位菩薩摩訶薩，名曼殊室利法王子。新譯名曼殊室利，與舊譯文殊師利，只是譯音稍異，譯義同是妙德，或名妙吉祥。法王是佛的德號，在法華經中佛言：「我為法王，於法自在。」法王子，是指能荷擔如來家業，紹隆佛種的大菩薩；如國王的太子，將來一定可以繼承王位一樣。因為此經所說，是佛果依正莊嚴，及諸佛果上教化眾生的利他功德，非法王之佛不能說，非智慧第一的法王子不能問，是以文殊師利菩薩，承佛威德神力所使，即從座位而起，「偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌」。印度的服裝，平時遮蓋兩肩，當禮佛，或請佛說法時，就要偏袒右肩，同時右膝著地，以表示恭敬尊重。
若然在表法言：承佛威神，是表示依體起用；從座而起，是表示從空涉有，入俗利生；偏袒右肩，是表示上承佛德；右膝著地，是表示下濟有情；曲躬低頭，是表示願意順從佛的意旨；合十指掌，是表示願意實踐施、戒、忍、進、襌、慧、方、願、力、智等十度，福慧雙修。
曼殊菩薩在請佛說法之前，先稱一聲「世尊」！表示至誠親切。「惟願」，意思是說：我此刻心中唯一的願望，就是請佛「演說如是相類」的「諸佛名號」，以「及」諸佛原「本」因地所發的「大願」，與其所成就佛果上的「殊勝功德」。為甚麼？因為希望「令諸聞者，業障消除，為欲利樂，像法轉時諸有情」的緣「故」。
文殊菩薩說明啟請的原因，是為了利樂被業障所纏的眾生，令末法時代，一切有情，皆得業障消除，獲得身心安樂的利益；由是可知，文殊菩薩的啟請，純是出於大智與大悲。以其大智故，深知佛滅度後，由像法轉入末法時，眾生業障深重，特別苦惱，必須救濟；以其大悲故，非常悲憫同情，末法時代的苦惱眾生，希望拔眾生的苦，與眾生的樂；然欲想究竟拔苦與樂，就要仰仗諸佛的慈悲願力，及其由願力所成就的殊勝功德。因此，懇請釋尊演說：「如是相類，諸佛名號，及本大願殊勝功德。」
「如是相類」，有通有別；通是通於其他經典所說，如是相類似的佛號，及其功德；別則是指本經所說的，藥師七佛如來的本願功德。本經下文說：「亦如西方極樂世界，殊勝功德，等無差別。」據此可知，釋尊在說此經之前，曾說阿彌陀佛等諸佛名號，及其大願與功德，如是互相類似的法門。因為藥師彌陀，利生的方便，雖然偏重於現生與後世不同，但同是因中發願，嚴淨國土，成就眾生，拯救有情，超出六道輪迴的無上大願王；琉璃極樂，同是七寶所成，功德莊嚴，眾生生者，皆是寶華化生，具足大丈夫相，無有眾苦，但受諸樂，得不退轉，終成佛道的清淨佛國土。釋尊慈悲，憫物長迷，不僅開示彌陀法門，教念佛眾生，厭離娑婆，求生極樂；橫出三界，揖別生死。同時還要演說：藥師法門，令受持者，得現生福樂，業障消除，不墮惡趣，乃至證得無上菩提。令娑婆世界的苦惱眾生，生前死後，都有真正歸依處，都可以離苦得樂；不致永劫沉淪生死，被困六道。文殊師利菩薩，深深體會佛意，并承釋尊慈悲願力所驅使，起座啟請，故釋尊即為我們演說：藥師七佛如來的本願，及其本願所成就佛果上種種殊勝的功德。
因為藥師七佛如來，因中行菩薩道時，所發別願，相互類似，同是正視人間疾苦，而思以救濟的大乘行者；同是發願當來成佛時，令聞名、稱念、禮拜、供養的眾生，即得業障消除，卻病延年，所求皆遂的菩薩摩訶薩；同是成就佛果殊勝功德，而能運用種種權巧方便，先令眾生獲得現生福樂，身心健康，然後啟發眾生的心智，導眾生捨邪歸正，去惡修善，乃至證得佛果菩提的無上大醫王。可以說：藥師七佛如來，因中發願，以及果上利他功德，都共同互「相類」似，故如是相類等四句，是別指藥師七佛如來，及其因中所發的宏願，與其本願所成就佛果上種種殊勝的功德。
「令諸聞者業障消除，為欲利樂，像法轉時諸有情故。」此正是文殊菩薩，請佛演說諸佛名號，本願功德的主要目的。佛經言業障，是包括煩惱障與報障。眾生由貪、瞋、癡、慢、疑、邪見等六種根本煩惱，引發種種不良的心理，障蔽心智，不明事理，不信因果，是煩惱障；人因煩惱的擾亂，頭腦昏昧，心神不寧，導致種種不合理的行為，形成種種不良的習慣，障礙止惡修善，謂之業障；再由不善的惡業，招致眾苦交煎的果報體，障生善處，障修佛道，長期沉溺六道生死，求出無由，是名報障。如是惑業苦三，循環不息，眾生也就不可能抗拒不幸的命運，而要接受種種災害與苦難。所以我們欲想離苦得樂，首先就要消除業障；然欲想消除業障，非仰仗諸佛本願功德不可。
佛滅度後，正法住世可分為三時五期。三時即是正法壹千年，像法壹千年，末法壹萬年。正法時期，佛教僧團，一切如法，有修有證，與佛在世無異；像法時期，出家修行的人多，得證聖果的人少，徒具形象，實已失真；末法時期，眾生善根短少，業障深重，加以魔強法弱，佛教團體，大都份不務真修，莫論證聖。此三時中，可分為五期：最初五百年，正法盛行，有修必證，名解脫堅固時期；第二個五百年，修習禪定的人多，獲得解脫的人少，名禪定堅固時期；第三個五百年，像法開始，人多捨禪定而好多聞，研究經典，執著語言文字，有解無行，名多聞堅固時期；第四個五百年，禪教俱衰，解行都無，人多不學習無漏法，但事有漏行，力修寺廟，建塔造像，以求人天福報，名福德堅固時期；第五個五百年，學佛的人，我執熾盛，宗派林立，黨己非他，橫生爭端，名鬥爭堅固時期。今言「像法轉時」，即由像法轉入末法時期，亦即由福德堅固時期，轉入鬥爭堅固時期，眾生被業障所纏，眾苦交煎，無法自拔。曼殊室利菩薩慈悲，為令末法眾生，得聞諸佛名號，稱念，禮拜，供養，即得業障消除，獲得學習佛法的利益，甚至證得佛果無上菩提的究竟快樂；故請釋尊演說，諸佛名號，及其本願功德。
（三）釋尊許說
爾時，世尊讚曼殊室利童子言：善哉！善哉！曼殊室利，汝以大悲，勸請我說，諸佛名號，本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂，像法轉時諸有情故；汝今諦聽，極善思惟，當為汝說。曼殊室利言：唯然，願說，我等樂聞！
文殊菩薩，過去成佛名「龍種上尊王佛」，現在於北方常喜世界成佛，名「歡喜藏摩尼寶積佛」，未來成佛，名普現如來。原是諸佛之母，菩薩之師，經言：「文殊師利大聖尊，一切菩薩諸佛母；十方如來初發心，皆因文殊教化力。」今隱實施權，現菩薩身，協助釋尊教化。此經前文稱為「法王子」，今又被稱「童子」，意思是表示，文殊菩薩的般若智慧，圓明獨照，無諸雜染，既能荷擔如來家業，亦如童子的純潔天真。又諸佛菩薩教化眾生，隨類應化，身相不定，文殊菩薩喜歡現童子身，天真無邪，智慧靈巧，滿懷熱情，仁慈濟物，令人喜歡親近，承受教化，故被稱為「童子」。因為文殊菩薩的啟請，既可以利益末法眾生，又契合諸佛慈悲濟世的本懷，故佛雙讚「善哉」。
纏是纏縛，眾生被自己多生多世，所作的種種業力牽制，猶如被繩子纏縛，失去自由，不得解脫一樣，極急於需要諸佛菩薩的援助與救拔。今文殊菩薩，基於大悲願力，為救拔被業障所纏的眾生，請釋尊演說諸佛聖號，及其本願所成就的功德，令聞者依法修行，即可解脫業力繩子的束縛，獲得生命的自由與安樂。故佛讚歎其問得非常恰當之後，再叮嚀囑咐文殊菩薩，要專心一意，集中精神「諦聽」，同時還要善於思量考慮，運用智慧來辨別，抉擇，所謂：「慎思明辨」，以獲得深刻的理解與利益，然後許為宣說。
曼殊菩薩既蒙釋尊讚歎，叮囑勸勉，許為宣說，即滿懷喜歡的回答：當然啦！世尊的教誨，我們當然唯命是從，但願我佛慈悲，立即宣說，我等在會大眾，是非常喜歡樂意聽聞的。
以上是本經的別序，敘述本經發起的因緣，是由於文殊菩薩的啟請，故佛說此經，可以說：文殊菩薩是此經的發起眾。
五、正說如來的本願
佛告曼殊室利，東方去此，過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來，應，正等覺，明行圓滿，善逝，世間解，無上士，調御丈夫，天人師，佛，薄伽梵。曼殊室利，彼世尊藥師琉璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情，所求皆得。
現在開始，進入本經的正宗分，釋尊因曼殊室利菩薩的啟請，正式開始宣說本經。此段經文，顯示本經是以藥師佛，果上依正莊嚴的功德，及其成就依正莊嚴功德的本因願行為主體。
在義淨法師所譯「藥師琉璃光七佛本願功德經」的經文中，詳述佛告曼殊室利，東方去此，過四殑伽河沙佛土，有世界名光勝，佛號善名稱吉祥王如來，…彼佛如來，從初發心行菩薩道時，發八大願，….…。
又東方去此，過五殑伽河沙佛土，有世界名妙寶，佛號寶月智嚴光音自在王如來…，初發心行菩薩道時，發八大願，…。
又東方去此，過六殑伽河沙佛國土，有世界名圓滿香積，佛號金色寶光妙行成就如來…，初發心行菩薩道時，發四大願，…。
又東方去此，過七殑伽河沙佛土，有世界名無憂，佛號無憂最勝吉祥如來…，彼佛世尊，行菩薩道時，發四大願，…。
又東方去此，過八殑伽河沙佛土，有世界名法幢，佛號法海雷音如來，…彼佛如來，行菩薩道時，發四大願，…。
又東方去此，九殑伽河沙佛土，有世界名善住寶海，佛號法海勝慧遊戲神通如來…，彼佛如來，行菩薩道時，發四大願，…。
又東方去此，十殑伽河沙佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來，…彼佛世尊，從初發心行菩薩道時，發十二大願。
玄奘法師既然認為，藥師琉璃光如來的十二大願，已概括善名稱吉祥王如來等六佛的四願與八願，故僅譯藥師如來的十二大願，作為藥師七佛如來的代表。是以本經一開始，就是佛告曼殊室利：「東方去此，過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來。」
「東方」是群動之首，日出之初，象徵著朝氣與光明。「殑伽」是印度四大河流之一，舊譯名恆河，此河沙細如麵，其數多而不可數；當年，釋尊常在恆河流域一帶說法，每喜歡引用恆河之沙，以譬喻極多之數量。
「佛土」指一佛所教化的國土，亦即是三千大千世界。今以一沙一世界言，從此娑婆世界的東方去，要經過十個恆河沙數之多的佛世界，然後有一世界名淨琉璃。可知此世界距離我們是何等的遙遠，比較起來，過十萬億佛土的西方極樂世界，就近得多了。又國土是十法界眾生依止之處，可分為凡聖同居土，方便有餘土，實報莊嚴土，與常寂光土等四種；淨琉璃世界，是屬於實報莊嚴土。
世界名淨琉璃，顧名思義，可知此世界是極其清淨，特別莊嚴。因為淨琉璃世界，不止是以琉璃為地，金繩界道，城闕宮閣，軒窗羅網，皆七寶成，而且其國中有情，純是大丈夫相，無有男女的差別現象，無有四惡趣的眾生，連因不如意所發出的苦惱音聲亦不可得，「亦如西方極樂世界，功德莊嚴，等無差別。」所以淨琉璃世界，是屬於東方的淨土。
淨琉璃世界的教主，名琉璃光如來；淨琉璃世界是依報，琉璃光如來是正報。佛以琉璃光的般若智，照實相理，智理一體，心境一如，光明遍照，清淨無染，約所證境言，名淨琉璃世界，約能證智言，名琉璃光如來。
「如來」，是佛十種通號之一，是倣同先德號：意思是說，今佛出世，如同古佛再來。又諸佛所證不生不滅的實相理體，即是眾生本具的真如自性，此性三世不遷，四相不改，在聖不增，在凡不減謂之如；體雖不變，而用能隨緣，眾生隨迷染之緣，而漏落生死，諸佛隨悟淨之緣，而成正覺。諸佛因悲憫眾生，迷而不覺，枉受生死，故來世間，說法利生謂之來。
「應」，即應供，是堪為福田號。因為佛已經惑盡智圓，堪受人天的供養。
「正等覺」，即是正遍知，是遍知法界號。佛以實智證理究竟，是正知，以權智通達法界依正因果等事相，是遍知，權實不二，名正遍知。
「明行圓滿」，亦稱明行足，是果顯因德號。明是智慧，行足是福德，佛以福慧二嚴，成無上道，顯示因地福慧雙修，圓滿具足，故又名兩足尊。
「善逝」，是善住菩提號。逝即逝世，六道眾生，背覺合塵，作善惡業，被業所牽，長住生死，來去不得自由，是不善逝；二乘聖人，雖斷分段生死，變易尚存，住有餘?槃，亦非善逝；諸佛五住煩惱淨盡，二死永亡，雖常住菩提覺道，但為利益眾生，倒駕慈航，隨流九界，非生示生，非滅示滅，來時乘願而來，去時自知時至而去，來去自由自在，因名善逝。
「世間解」，是達偽通真號。佛具十智，了知世間諸法，相妄性真，事理性相，通達無違。
「無上士、調御丈夫」，是攝化從道號。普通人以足智多謀，文武雙全謂之士，勇敢無畏，能擔當重任謂之大丈夫。在佛法言：但求自利是下士，自利兼他是中士，廣修六度四攝等法門，利益眾生是上士，二利究竟，萬德具備，名無上士。諸佛具足十力、四無所畏，悲智雙運，慈威兼施，能調御降伏剛強眾生，攝化一切有情，令凶惡者變為良善，令頑固者變為馴服，接受教化，歸向佛道，因名無上士、調御丈夫。
「天人師」，是應機受法號。佛是三界導師，四生慈父，人天無不以佛為師故。
「佛」，是三覺圓明號。佛以始覺智，證本覺理，究竟覺悟故。又名覺悟歸真號，佛以自覺萬法惟心，心外無法之理，遍覺一切眾生，二利成就，修證究竟，回歸真如自性故。
「薄伽梵」，具有端嚴、名稱、熾盛、吉祥、尊貴、自在等六義，屬於多含不翻，簡譯名世尊，是十界獨尊號。因為佛智是十法界之最，佛德為一切世間所尊故。
以上十號，通於十方三世諸佛，謂之通號。藥師琉璃光，是佛的別號，今通別并稱，故言：「佛號藥師琉璃光如來，應，正等覺，明行圓滿，善逝，世間解，無上士，調御丈夫，天人師，佛，薄伽梵。」
「彼世尊」，是指藥師如來，以釋迦世尊是此土的佛，故藥師如來是彼土的佛。彼土藥師琉璃光如來，原本從凡夫開始，發菩提心，「行菩薩道時」，即「發十二大願」，而此大願，既不同於凡夫，但求人天福報以自利；不同於二乘，但求出三界，了生死；亦不同於阿彌陀佛，嚴淨國土，成就眾生；也不同於釋迦牟尼佛，能於五濁惡世，教化眾生，開佛知見；而是願意滿足一切眾生的希望，「令諸有情，所求皆得。」十二大願是佛因中修行所發的別願，「令諸有情，所求皆得」，是成佛後由本願行功德力的實現。
（一）生佛平等正報莊嚴願
第一大願，願我來世，得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相，八十隨形好，莊嚴其身，令一切有情，如我無異。
「阿耨多羅」，譯無上，「三藐三菩提」，譯正等正覺，是佛果菩提的通稱。正等是平等的真理，正覺是無分別智；菩薩修行，功圓果滿時，以無分別的般若智，證平等不二的真理。此平等的真理，雖然生佛平等，聖凡無二，但眾生迷而不覺，外道覺而不正，二乘正而不等，菩薩之覺，雖正又等，但非無上，唯佛以如如智，證如如理，既正且等，九法界眾生，無能過之，故言：「無上正等正覺」。當佛由始覺智，證本覺理，究竟覺悟之時，名「得阿耨多羅三藐三菩提」，即親證法身。
「自身光明，照耀無量無數無邊世界」，是指佛的自受用報身。佛的自受用報身，是由無量功德智慧生，屬於佛果無漏不可思議的境界，非一般凡夫俗子可能理解，唯佛與佛能知。但諸佛為教化地上菩薩，往往現出他受用報身，光明熾然，盡虛空，遍法界，無所不照，故言：「自身光明，照耀無量無數無邊世界」。
「以三十二大丈夫相，八十隨形好，莊嚴其身」，是指佛的應身。不但諸佛具足三十二大丈夫相，釋尊的親弟阿難陀，以及轉輪聖王、梵王、帝釋，都具有此大丈夫之相。至於八十種隨形好，則是諸佛因中「三祗修福慧，百劫種相好」，所得的果報，唯佛具足，非一般凡夫或三乘聖眾可能擁有。
今藥師琉璃光如來，因中行菩薩道時，發第一個大願，就是希望自己將來成佛，三覺圓明，三身具足，證得佛果無上正等正覺時，亦令一切有情，共成佛道，同證三身，與自己一樣，等無差別。因此，得生其淨琉璃世界的眾生，雖然未盡斷煩惱，未證佛道，但由於藥師如來原本願力功德的加持，皆於雜色寶華中化生，都具足三十二大丈夫相，正報莊嚴，與佛無異。
（二）身光破暗開曉眾生願
第二大願，願我來世，得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
藥師如來行菩薩道時，發第二個大願，是希望將來成佛，證得無上正等正覺時，內在的智慧光明，能照徹法界（自受用身），外在的身相光明，能照應大機，（他受用身），猶如琉璃寶，晶瑩皎潔，「內外明徹，淨無瑕穢」，而且功德莊嚴，好像須彌山王一樣巍然矗立不動。由於佛的報身「光明廣大」，普照無涯，周遍法界，所發出的光焰熾烈，互相映照，結成光網，藥師如來所應化的琉璃光身，善於安住於此，由無量光線所組成光輝燦爛的焰網之中，故其光明，超「過於日月」。不止照耀無量無邊世界，同時照耀常處於幽冥中的地獄眾生；令人間天上，及惡道眾生，凡接觸佛的焰網光明，「悉蒙開曉」智慧的心眼，皆可以照破內心無明煩惱的黑暗，使眾生在佛光與自已智光的照耀中，明白真理，認識自己，走向光明，進入菩提覺道。在菩提覺道上，隨各人的意志，去作各種有益身心，有利群眾的事業；或隨各人的善根福德因緣，實踐六度萬行，廣修福慧，自利兼他，直至二利究竟，即可完成佛道。以上兩願，是著重自他佛道的證得，是依四諦中的滅諦而發的大願。
（三）智慧方便滿眾所欲願
第三大願，願我來世，得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡，所受用物，莫令眾生，有所乏少！
自此至以下第五願，是依道諦而發的宏願。道，是佛弟子所修學的法門，廣則無量，所謂：「法門無量誓願學。」略則可以說是三十七道品，再略則不出戒定慧三無漏學。此第三大願，是依道諦中的慧無漏學而發。
智慧是實智，屬於體；方便是權智，屬於用。如無智慧的實體，則無以起方便的妙用；若無方便的妙用，則無以顯示智慧的實體。今藥師如來發願，得菩提時，以實智證理，以權智鑒機，從體起用，運用種種善巧方便，利益有情。
量謂衡量、計量、度量、測量，凡衡量物之輕重，計量物之多少，度量物的長短，測量物的大小、淺深、厚薄，皆名之為量。「無量」，是已經超越世間事物的大小、多寡、長短、淺深、厚薄，如《攝大乘論》所言：「不可以譬類得知」。邊謂邊際、邊緣、邊界等；物與物之間有其邊際，人與人之間有其邊緣，國與國之間有其邊界。「無邊」，是已經超越世間任何人與物的邊際、邊緣與邊界。
佛的智慧言：「無量無邊」，因為佛以般若智，證實相理，此理離言絕相，不落邊際，既非凡情可計算測度，亦非小乘聖人的智慧可衡量或思量，故佛的智慧是無量無邊。藥師佛從無量無邊的智慧，所起的方便妙用亦無量無邊，故能普令一切有情，「皆得無盡所受用物」。
「所受用物」，即是我們日常生活所需要的資生之物，例如衣、食、住、行、醫藥、臥具、娛樂等，都是人類生活中，不可或缺的物質享受。若然缺乏或短少，必然群起而爭，爭必亂，何止損害群眾，危及社會，而且因此作諸惡業，流轉生死，招致無窮無盡的苦惱。藥師如來，為了取消人類現實生活的貧窮困苦，給予人類無窮無盡的享樂，更為了拔除眾生永劫沉淪生死的苦惱，給予眾生法身慧命無窮無盡的壽命，所以從無量無邊的智慧，運用無量無邊的權巧方便，來到人間，提倡五明學。
先灌輸眾生論理學、心理學、語言學、醫學、科學各方面的知識；教導眾生發展工業，開發資源，創造藝術、娛樂種種技巧，令眾生有建業知識，謀生技能，獲得物質高度文明的享受，生活富裕，「皆得無盡所受用物」，不致貧窮困苦，「有所乏少」。然後運用內明學，來開啟眾生的心智，令眾生明真理，知因果，識邪正，止惡向善，甚至惡性隱歿，佛性抬頭，成就戒、信、聞、捨、慧、慚、愧等七聖財，以提升人的德性，改善人的品質，使人樂於發揮人溺己溺，人飢己飢的精神；樂於進德修業，利己利人；樂於趣向佛道，覺悟成佛。如《華嚴經》言：「菩薩於菩提，當於何求？當於五明處求。」是以藥師如來行菩薩道時，發第三個大願，就是運用智慧方便，以五明學的權巧，來提高人類物質的享受，同時也提升人類的智慧與質素，徹底解除人類物質與精神的貧乏，令人類物資富裕，精神飽滿，不致「有所乏少」。
（四）令邪歸正導小向大願
第四大願：願我來世，得菩提時，若諸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘，而安立之。
前願是偏重人類資生事業的發展，以促進物質文明；今第四大願，目的是化邪歸正，擴展大乘佛教濟世益群的思想，是偏重於精神文明。
「若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。」是令人道眾生，捨邪歸正。「菩提」，譯名正覺，「菩提道」即正覺的康莊大道，反之便是邪道。藥師佛發願將來成佛時，遇見有不正的思想，不正的信仰，不正的行為，不正的娛樂的人，都以正覺的思想，正覺的教育，正覺的行動來教導之，輔助之，令捨邪歸正，知因識果，信仰三寶，學習大乘佛法，走向正知正見的菩提覺道。
聲聞，是一類因佛說法的音聲，得聞四諦理，知苦斷集，慕滅修道，結果斷見思煩惱，解脫生死，證得阿羅漢果的聖人。獨覺，又名緣覺，是一類因聞佛說十二因緣的道理，知世間諸法，皆緣生性空，無常無我，因而放棄世間五欲的享樂，如法修學，由十二因緣的流轉門，進入還滅門，而得斷煩惱，了生死的聖人；另有一類立志出塵之士，但生不逢佛世，唯有孤峰獨宿，春觀百花開，秋觀黃葉落，而悟知世態榮枯，生滅無常，不戀世事，專心修習禪定，引發無漏智慧，得斷煩惱，了生死，證真空?槃的聖人，名獨覺。聲聞人但斷見思煩惱，緣覺兼侵習氣，二者同是獨善其身的修行人，屬於小乘。但佛教的基本精神，卻屬於大乘。
「大乘」即是一佛乘。諸佛出世，雖說人乘、天乘、聲聞乘、緣覺乘、菩薩乘等五乘教法，但目的在於一佛乘。如《法華經》言：「十方佛土中，唯有一乘法，無二亦無三；除佛方便說，但以假名字，引導於眾生，說佛智慧故。諸佛出於世，唯此一事實，餘二則非真；終不以小乘，濟度於眾生。」否則，「若以小乘化，乃至於一人，我則墮慳貪。」諸佛聖人豈是慳貪者？是以藥師佛發願來世成佛，不止要令沉淪生死苦海中，行邪道的人乘眾生，捨邪歸正，安住於菩提覺道；還要令已斷煩惱，了生死的小乘聖人，回小向大，修學大乘法門，趣向佛道，不致滯留小乘，故言：「若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之」，此是依道諦中，定無漏學而發的大願。
（五）令修梵行得戒清淨願
第五大願，願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
梵言「尸羅」，譯名戒。戒能防非止惡，令人行為清淨，如《華嚴經》言：「菩薩護持淨戒，於色聲香味觸，心無染著，亦為眾生，如是宣說，不染六塵，不起雜念。」故持戒即是「修行梵行」。戒有在家五戒，八戒，十戒；有出家沙彌，沙彌尼戒，比丘，比丘尼戒；有《華嚴經》所說的菩薩十戒：「一不捨菩提心戒，二遠離二乘地戒，三觀察利益一切眾生之戒，四使一切眾生住於佛法之戒，五修一切菩薩所學之戒，六於一切法無所得之戒，七以一切善根回向菩提之戒，八不著於一切如來身之戒，九離思惟取著一切法之戒，十諸根律儀之戒。」還有《梵網經》所說的菩薩十重四十八輕戒。於所受戒，能嚴持不犯，名「得不缺戒」。
「具三聚戒」，三聚戒又名三聚淨戒。一攝律儀戒：是受持佛所制的一切在家、出家、大乘、小乘之戒；律己修心，嚴持不犯，即是諸惡莫作，是斷德因，可修成法身果。二攝善法戒：是修持一切善法，例如修學六度、四攝、四無量心等大乘法門，亦即是眾善奉行，是智德因，可修成報身果。三攝眾生戒，又名饒益有情戒：大乘佛教的精神，在於慈悲濟世，利樂有情；故大乘菩薩，應該以弘法利生為出發，以普令眾生離苦得樂為目的，是恩德因，可修成應身果。律儀戒是止持作犯；後二戒是止犯作持。「毀犯」是因，「墮惡趣」是果。
藥師佛因中發願成佛時，若有「無量無邊有情，於我（藥師佛）法中，修行梵行」，必蒙我藥師如來佛光加被，「一切皆令得不缺戒」，何止圓滿具足比丘，比丘尼戒，同時還可以「具」足菩薩的「三聚戒」。假設有人，被惡業所牽，為境所轉，「毀犯」禁戒，若然有機會聽「聞我」藥師如來「名已」，能一心稱名，恭敬受持，誓不再犯，即可恢復戒體，「還得清淨」如故，「不」致因毀犯禁戒之罪，而「墮惡趣」。此是依道諦中的戒無漏學所發的大願。
（六）令諸殘疾六根具足願
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾瘖啞，攣躄背僂，白癩顛狂，種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
此是藥師佛因中行菩薩道時，緣苦諦境而發的別願。「若諸有情」，也許是特別指娑婆世界的眾生，因為得生東方淨琉璃世界的有情，皆相好如佛，絕不會「諸根不具，…種種病苦。」
「諸根」，指人身體中的眼、耳、鼻、舌、身、意等六根。人的體態怪異謂之「醜陋」，是身根有缺憾；心性魯鈍，專橫固執是「頑愚」，指意根有缺憾；目不能視之疾是「盲」，指眼根不具足；耳不能聽之疾是「聾」，指耳根不具足；發音不亮是「瘖」，指鼻根不具足；不能言語是「啞」，指舌根不具足；手足彎曲不能伸縮之疾是「攣」；兩足俱廢是「躄」；背向前彎不能直伸是「背僂」；惡瘡難愈，猶如痲瘋是「白癩」；神經反常，心智不清是「顛狂」；此皆令人苦惱，引以為憾的疾病，都屬於個人別業所招的惡報。藥師佛為救拔此等眾生殘疾之苦，行菩薩道時，就發願將來成佛，殘疾的人，聞其名號，若能一心受持，恭敬供養，即可取消一切醜陋殘障的缺憾，「皆得端正黠慧，諸根完具，無諸病苦」。黠是靈巧，慧是聰明；「端正黠慧」，則不醜陋頑愚；眼根具足則不盲，耳根具足則不聾，鼻根具足則不瘖，舌根具足則不啞；身根具足則無攣、躄、背僂、白癩等病；意根無缺，便不會顛狂，或愚魯專橫。眼等五根完具，是身不殘缺；意根完具，是心不殘缺。由於藥師佛本願功德神力加持，凡聞佛名，而能稱念佛號的人，不僅身體的殘疾，獲得痊愈，而心理殘障的人，亦可得救，回復正常；所以佛號藥師，能為人世間的無上大醫王。
（七）除病苦得身心安樂願
第七大願，願我來世，得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦；我之名號，一經其耳，眾病悉除；身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
人的病苦不止於殘障，即使是六根完具的人，隨時隨地都可能發生疾病。雖然現代醫學昌明，但很多疾病仍然令群醫束手無策，何況貧病交逼？當一個人身患疾病，既缺乏醫藥救治，又無親人照顧，且無家可歸，求救無門，加以貧窮困苦，唯有坐待其斃，實在不幸，可憐得很。藥師佛願意照顧此類貧病孤苦的有情，發願將來成佛，憑其原本願力功德，能令此等貧病交逼，眾多苦惱的眾生，一聞其（藥師佛）名，即得「眾病悉除，身心安樂。」此言：「眾病」，是包括人生理上、與心理上的疾病。人生理上的病，或可求助於世間醫藥，但心理上的病，就非乞靈於佛法不可。
藥師佛不但能醫治人肓聾瘖啞，四肢殘缺，六根不具，白癩顛狂，智商低能，種種生理上的奇難雜症，又可以治療人心理上，因貪欲熾盛，所引發的鬥爭病，金錢病，佔有病；或因瞋恨心重，所導致的報復病，殘殺病，傷害病；或因愚癡、我慢所引起的社會病，政治病，罪惡病。令人消除有形或無形的病苦，轉身心重病，成為「身心安樂」。
由於眾病悉除，恢復身心健康，就可以從事正常操作，發展事業，重建家園，不但眷屬美滿，資生之物豐足富裕；且因聞名稱念藥師佛的功德，善根增長，自然消除三不善根的惡疾。除貪不善根的病，則知布施修福，樂意幫助一切人；除瞋不善根的病，就會發慈悲心，憐憫同情一切人；除癡不善根的病，即可增長智慧，自利兼他；直至二利究竟，終證菩提。
（八）女轉男身得滿菩提願
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
「若有女人」，亦是指淨琉璃世界以外的眾生，因為淨琉璃世界的有情，純屬大丈夫相，無需轉女成男。本來佛性平等，無有高下，所謂男女，只是五濁惡世中，欲界眾生的差別現象而已；色界與無色界的有情，已無男女相，故男女性別，原無勝劣之分，更無所謂高等或低級的懸殊。即使是凡夫境界，煩惱的厚薄，業障的輕重，智慧的淺深，福報的勝劣，皆基於個人宿世業力因緣使然，非關男女性的區別。
《法華經提婆達多品》言：「女身猶有五障：一者不得作梵王（因為清淨與垢染不同）；二者帝釋（因為少欲多欲差別）；三者魔王（因剛強懦弱相異），四轉輪王（因仁慈嫉妒各異），五者佛身（因萬德煩惱有別）。」學佛之人志在出塵，梵王、帝釋、魔王、轉輪王，固非所求，不作也罷，至於佛身，僅限於不可即女身作佛而已，并非女人，不可以修行，斷煩惱，成佛道。至於修因證果，覺悟成佛的遲速，全視乎個人修行之精勤與懈怠而定，與男女性別無關。可是古今中外，皆以男性為社會中心，所謂：「男主外，女主內。」男性既掌握經濟大權，便可以為所欲為，每故意欺侮女性，壓迫女性，奴役女性，甚至詆醜女性，使女性在不平等的制度下，受盡委屈與折磨。
時至今日，隨著時代巨輪的推進，女人，已非弱者，但由於社會重男輕女的惡習，根深蒂固，雖然同工同酬，但女性在家庭中，仍被視為男性的附屬品，兩性相處，吃虧的往往是女性；何況女性，畢竟要接受生兒育女的痛苦，是以在現實生活中，的確有不少女性，厭惡女身欲求出離。藥師如來，為欲令此類女性，所求如意，故因中行菩薩道時，發願當來成佛，若有願意捨棄女身的人，得「聞我」藥師佛的「名」號，專心稱念，禮拜供養，「一切皆得轉女成男」，而且具足大丈夫相；若能進修佛法，精勤不懈，終必「證得無上菩提」。
（九）化導魔外攝入正見願
第九大願，願我來世，得菩提時，令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛，若墮種種惡見稠林，皆當引攝，置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
梵語「魔羅」，譯殺者，或擾害。凡是障礙善法，破壞功德，殺人慧命，擾亂人身心的人和事，都屬於魔。可分為煩惱魔、五陰魔、生死魔、天魔等四種。煩惱魔，五陰魔，生死魔，固然令人困擾重重，心煩意亂，不能專心辦道；而天魔更有魔王，魔兵，魔將，魔子、魔孫及魔眷屬，都會運用種種魔術手段，網羅眾生，使人迷失本性，陷入魔網，求出無由，謂之「魔罥網」。
「外道」，指佛法以外的一般宗教，不明萬法惟心的道理，於心外求道，謂之外道。《大智度論》說，佛在世時，印度竟然有九十六種外道之多。於心外求道的人，不明真理，不識佛性，不信因果，邪見熾盛，往往修學種種無益苦行，如蠶作繭，自纏自縛，猶如人誤入荊棘叢林，入易出難，故言「墮惡見稠林」。
魔與外道、惡見，皆屬於惑，是生死根本。眾生因煩惱惑而作業而受苦，如是惑業苦三，循環不已，被困苦惱深淵，無法自救。藥師如來為徹底消除眾生心中的迷惑，令斷除苦因，苦因既滅，則苦果不生。是以在因中行菩薩道時，即依集諦發願，願當來成佛，能「令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛」，若有「墮」在「種種惡見稠林」中的眾生，悉「皆當引攝置於正見」。
凡世間一切善法，合乎人倫道德，合乎法律秩序，合乎邏輯理論，合乎因果法則的見解，都是正見；凡能知一切眾生，皆有佛性，皆當作佛，而學習大乘佛法，廣修六度四攝等法門，利益眾生，趣向佛道的人，就是正知正見。今藥師佛乘本願力功德，將被魔所困，被外道所纏的眾生，「引」出魔網，導出惡見稠林，安置於正知正見的大乘佛法中，「漸令修習諸菩薩行」，當然可以圓滿具足菩薩道，終於「速證無上正等菩提」。
可惜現代思想自由，人皆各持己見，自以為是；至於另有目的之人，故意標奇立異，邪說橫行，令一般無知市民，或急功好利的人，誤入歧途，自投羅網，自毀前程。例如：目前世界各地，流行著種種邪知邪見的宗教，正在謀殺人的慧命，殘害人的身心，凡是正知正見的佛弟子，都應該受持及弘揚藥師法門，祈求藥師如來慈光加被，令邪知邪見的人，轉為正知正見，共同實踐利己利人的菩薩道，以杜絕社會種種罪惡發生，使我們的世界，變為人間的淨土，幸福的樂園。
（十）解脫災難令離憂苦願
第十大願，願我來世，得菩提時，若諸有情，王法所加，縛錄鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫，一切憂苦。
以下三大別願，皆是緣苦諦境而發。佛說：人的富貴貧賤，窮通得失，或智愚賢不肖，皆是個人宿生業力使然；所以我們欲想富貴榮耀，幸福快樂，就要實行布施持戒，努力修善，自求多福。可惜眾生迷惑無知，不信因果報應分明，每妒忌他人的成就，而苦自己之不足，因而憤世疾俗，甚至挺而走險，作奸犯法，擾亂社會治安，當然要被「王法所錄」，接受國家法律的裁判。
古之王法，設有笞、扙、徒、流、死等五刑，以懲罰犯罪的人。今言：「繩縛鞭撻」是笞刑，「繫閉牢獄」是徒刑，「刑戮」屬於死刑。「及餘無量災難凌辱」，是指王法以外的一切天災人禍，或是被惡人陷害，飽受凌辱。人的感受可分為苦、樂、憂、喜、捨等五種；今被種種逆境，導致「悲愁煎逼，身心受苦」是屬於憂與苦。藥師佛行菩薩道時，發願拔除眾生的痛苦，不管是因觸犯國法，該受刑罰的人，或被人陷害，枉受無辜者，或是在王法之外，遭受其餘天災人禍的逼害，致使「悲愁煎逼，身心受苦」的眾生，若得聞藥師佛的名號，即可以仰仗佛的本願功德，與佛果上的「福德威神力」加被的緣故，皆得解脫，一切王法所加，以及其餘無量災難、苦難、厄難、困難，與遭受他人的橫加「凌辱」，種種「悲愁煎逼」的憂苦。
或有人問，被國法懲罰的人，若是冤枉，聞佛名號，即得解脫，是應該的；如果是五逆十惡的人，是罪有應得，若聞佛名號，即得解脫，豈非違背因果定律？當知若有福德因緣，得聞藥師佛名，一定是有善根，而又勇於改過的人，今因聞佛名，受佛感化，悔過自新，轉惡為善，念佛修行，必然蒙佛慈悲攝受，可以解脫災難，或重罪輕受，正是善因善果，誰說是違背因果定律？
（十一）饑渴眾生得妙飲食願
第十一大願，願我來世得菩提時，若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身；後以法味，畢竟安樂，而建立之。
飲食是人類生活最基本的條件，若然缺乏飲食營養，不僅身瘦形枯，百病叢生，且面臨死亡；是以世人無不為求飲食而奔馳。《楞嚴經》說：「十二類生，不能自全，依四食住。所謂：段食，觸食，思食，識食。」
段食，又名粗摶食：指色、香、味、觸等食物，可直接資養身體，間接資補精神。
觸食：指人的眼等六根，與外界色等六塵接觸，產生色聲香味，冷暖澀滑種種反應情緒，令人心生喜樂，能長養身心，謂之觸食。
思食：指人的思想與意志，能使人精神奮振，克制艱苦，甚至任勞任怨，以謀生存，謂之思食。
識食：此識非指眼等六根，攀緣色等六塵所起之六識，而是指一切眾生，皆依賴而生存的第八阿賴耶識；地獄眾生及無色界有情，固然賴此識資持命根，而一切眾生，亦因此識資持業果，始可以延續生命，因名識食。
三界眾生，皆依以上四食而住，至於出世三乘聖人，則以禪悅為食，或以願力為食，以解脫為食，資養慧命；唯獨諸佛，已轉識成智，法身顯現，智慧飽滿，無需再依食住。
段食、觸食，純屬物質；思食、識食、以及禪悅食、法喜食、願食、念食、解脫食等，皆是精神食糧。普通一般人，大都全力注意飲食營養，爭取物質的享受，而忽視精神食糧，致使人心失常，精神枯萎，百病叢生，仍然不知謀求挽救，努力?取精神食糧，令精神飽滿，身心健康，反而醉心物質享受，心為形役，身為物轉，每為物之得失而煩惱；尤甚的是為滿足一時口腹之慾，而屠殺生靈，冤結累劫，受報無窮；或為滿足一己的私慾，而強奪巧取，無惡不作，既作惡多端，則罪孽難逃，生受法律制裁，死墮惡道，受苦無量，佛眼觀之，實在可憐可憫。因此，藥師如來行菩薩道時，發願將來成佛，凡為「飢渴所惱，為求食故造諸惡業」的眾生，若然得聞其名號，而能「專念受持」，即先以世間「上妙飲食，飽足其身」。
「上妙飲食」，非指血腥臭穢的肉類，而是營養豐富，資補身心的天然食品，加以思想純善無惡的思食，與深信因果知見正確的識食，該是世間最上最妙的飲食。
「法味」，指大乘佛教的思想，以及菩薩所修學的無量法門，能長養人的慧命，能令人法身健康，畢竟解脫生死之苦，獲得佛果無上菩提的究竟安樂。
藥師佛對於為饑渴所惱，作諸惡業，流轉生死的眾生，先以世間「上妙飲食」，令其安住於有漏善道，使之成為人間賢士；然後再進一步用出世間的「法味」，令其安住於無漏覺道，使之成為出世間聖人，乃至證得佛果無上菩提，究竟離苦得樂，故言：「畢竟安樂而建立之」。
（十二）貧乏眾生得妙衣服願
第十二大願，願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊?寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足。
衣服不止可以衛體遮羞，還可以禦寒避暑，保護肌膚，避免寒暑或蚊蟲的侵襲；是以衣服，亦是人日常生活，不可或缺的護身之物。時至今日，人的衣服不但講究華麗美觀，還求款式新潮怪異，富貴的人，一件衣服，每以萬元計，可是貧窮人家，往往衣不蔽體，即使是粗衣舊服，亦無以自給。藥師如來為照顧此類貧苦群眾，因中行菩薩道時，發願將來成佛，若有貧窮眾生，缺乏衣服，飽受蚊蟲侵襲，或被寒暑逼迫惱害，如果得聞藥師佛的名號，又能專心稱念，如法「受持」，自然獲得藥師如來本願功德威神之力加被，即能「如其」心中「所好」，隨意「即得上妙衣服」。同時「亦得一切寶莊嚴具」，例如：寶石，鑽石，鑽戒，項鏈等首飾之類。
「華鬘」，是用種種花，或用種種寶石製成的項鏈首飾；「塗香」，是種種名貴的香水；「鼓樂」，是各種流行的音樂；「眾伎」是各種樂器。此皆是人間富豪之家所用之物，今因專心稱念佛的名號，即可「隨」其「心」意所愛好「翫」賞的一切華麗衣服，各種名貴首飾，高級化粧用品，以及娛樂所用的各種器具，藥師佛悉「皆」能「令」一切貧苦眾生，得到「滿足」，如意享受。
曼殊室利，是為彼世尊，藥師琉璃光如來，應正等覺，行菩薩道時，所發十二微妙上願。
藥師佛行菩薩道時，所發的十二大願，前五願是依出世間因果，道滅二諦所發的大願，偏重佛道的修證；後七願是依世間因果，苦集二諦所發的大願，正視人間福樂的增益，與疾苦的消除。前五大願是與一切眾生樂；後七大願是拔一切眾生苦。不僅解救人間現實的災難，令人福壽康寧，所求如意；同時令人離諸魔障，趣向佛道，成等正覺，究竟離苦得樂，因此被稱為「微妙上願」。
六、琉璃世界的莊嚴
復次曼殊室利，彼世尊藥師琉璃光如來，行菩薩道時所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫，若一劫餘，說不能盡。
釋尊再次告訴文殊菩薩：藥師如來行菩薩道時，所發十二微妙上願的功德，以及成就佛果菩提之後，其淨琉璃佛土的殊勝「功德莊嚴」，即使在「一劫」之中，或用「一劫餘」的時間，亦「說不能盡」。
梵語：「劫波」譯為時分，或時間。由一剎那開始，直至億億萬萬年，皆可名之為時分，因此佛經將時間分為小劫、中劫、大劫，以統計時間的長短。佛說世界最初成立，由光音天上的天人下生，當時人壽八萬四千歲，過一百年減一歲，如是減至人壽十歲；此時人性凶惡殘酷，貪瞋癡熾盛，彼此相見，互起殺心，隨手所執，草木皆變成利器，由業力驅使，大殺七天，名刀兵災。由於人多行不善，殘殺無辜，非人吐毒，疾疫流行，感染即死，如是經過七個月的時間，名疾疫災。又因人心邪惡，不務正業，天龍瞋怒，久不降雨，因旱成災，五谷失收，人多餓死；未死之人，收集白骨，煎水取汁，飲以活命，歷時七載，名飢饉劫。能免刀兵災，能避疾疫難，能度過飢饉劫的人，大難不死，劫後餘生，漸知善惡報應，而改過自新，立心向善，人壽亦隨之而增，真的「天增歲月人增壽」，直增至人壽八萬四千歲，如是一增一減名一小劫。積二十小劫為一中劫，積成、住、壞、空四個中劫（八十小劫），為一大劫，今言一劫，是指住劫。藥師如來因中行菩薩道時，由於行願無窮無盡，佛果所證的功德也無量無邊，以釋尊的智慧與辯才，用一劫，或一劫餘的時間，亦「說不能盡」。
（一）國土清淨
然彼佛土，一向清淨，無有女人，亦無惡趣，及苦音聲；琉璃為地，金繩界道，城闕宮閣，軒?羅網，皆七寶成；亦如西方極樂世界，功德莊嚴，等無差別。
「彼佛土」，是指藥師佛的國土，彼佛國土之所以「一向清淨」，名淨琉璃世界，原因是彼國眾生，純於雜色寶華中化生，皆具有三十二大丈夫相；無有女人，亦無地獄、餓鬼、畜生、阿修羅等四惡趣眾生，即使是因不愉快而發出的苦惱音聲，亦不可得。不像娑婆世界眾苦充滿，甚可怖畏；不像娑婆世界五趣雜居，五濁垢穢；也不像娑婆世界，崇山峻嶺，荊棘瓦礫，高低不平；而是琉璃為地，金繩界道，宮殿樓閣，皆珍寶所成。「城」是市民聚居之處，正中的通道是「闕」，高廣大廈是「宮」，重樓是「閣」。「城闕宮閣」以及其他軒堂明窗，裝飾羅網等物，皆是金銀、琉璃、硨磲、瑪瑙、珊瑚、琥珀、珍珠等七寶所成。「亦如西方」阿彌陀佛的「極樂世界，功德莊嚴」同等，并無任何差別。因為琉璃極樂，皆是佛的本願功德所成就的佛國土；藥師彌陀，都是佛從體起用，教化眾生的大權示現；雖因眾生根性不同，施教的方式不一，東西各異，但若然攝用歸體，則理性無二，唯一真法界，何來東西之別？故言：「等無差別」。此明佛的依報莊嚴。
（二）眷屬莊嚴
於其國中，有二菩薩摩訶薩，一名日光遍照，二名月光遍照，是彼無量無數菩薩眾之上首，次補佛處；悉能持彼世尊，藥師琉璃光如來，正法寶藏。
「其國」，指藥師佛的淨琉璃世界。此世界中有無量無數眾多的菩薩，從佛聞法，作為藥師如來的法眷屬。其中有二位大菩薩，「一名日光遍照，二名月光遍照，是彼無量無數菩薩眾之上首」。上首，即是諸菩薩眾的首領；譬喻日、月光明，是眾星光的上首一樣。日光能破黑暗，表示菩薩的智慧光明，能照破眾生無明煩惱長夜的黑暗；月光能令大地清涼，表示菩薩的慈悲，能令眾生除熱惱，得清涼。
又菩薩名日光，表示一切智，名月光表示道種智，佛名琉璃光，表示一切種智，若佛若菩薩，若主若伴，皆以般若智光，廣作佛事，利益眾生。
因為日光與月光菩薩，是藥師如來的接班人，將繼承佛位，猶如世間的王太子，將繼承王位，執行王政一樣；亦如彌勒菩薩，當來下生此娑婆世界成佛，補釋迦牟尼佛之處。又如西方極樂世界的觀音、勢至兩位大菩薩，在阿彌陀佛滅度之後，即於極樂世界，補佛之處，次第成佛，繼承佛位。日光、月光兩位法身大士，將繼藥師佛之後，在淨琉璃世界，相繼成佛，故言：「次補佛處」。
「正法寶藏」，揀非世間上的邪法，而是出世間最妙至上的正法，此正法即是勝曼經所說：「佛性者，是如來藏，是正法藏，是法身藏，是出世藏，是自性清淨藏。」日光、月光兩位大菩薩，位居等覺，智慧功德與佛同等，通達佛性，親證法身，所以「悉能」受「持彼」淨琉璃世界的「世尊藥師琉璃光如來」的「正法寶藏」。
（三）勸信願生
是故曼殊室利！諸有信心善男子、善女人等，應當願生彼佛世界。
釋尊既已介紹藥師如來，因中的行願功德，及果上依正莊嚴，所以勸諸有情，發願求生彼國；亦如偉佛說阿彌陀經一樣，勸人發願往生。善男子，包括沙彌、比丘、優婆塞等；善女人，包括式叉摩那、沙彌尼、比丘尼、優婆夷等。釋尊的意思是說：凡對藥師如來有信心的七眾佛弟子，都應當發願，求生彼藥師佛的淨琉璃世界，一則可以避免眾苦，二則可以常隨佛學，飽餐法味，受眾妙樂。
七、本願功德的殊勝
（一）聞名滅罪免墮惡道
以下是釋尊簡單介紹淨琉璃世界的國土清淨，眷屬莊嚴并勸導我們發願往生彼國土，親近藥師如來之後，再介紹藥師如來，由本願所成就佛果利他的殊勝功德。藥師佛利益眾生的功德，可分為四大類：一是聞名滅罪免墮惡道，二是持名增福得生善處，三是持咒治病終成菩提，四是供養消災獲福免難。聞名滅罪免墮惡道，又可分四點：
（1）滅慳吝貪惜罪
爾時世尊，復告曼殊室利童子言：曼殊室利！有諸眾生，不識善惡，惟懷貪?，不知布施，及施果報，愚癡無智，闕於信根，多聚財寶，勤加守護；見乞者來，其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉，深生痛惜。
凡利己又益人的事謂之善；凡損人利己，或損人不一定利己的事謂之惡。本來為善最樂，為惡遭殃，是必然的因果定律，所謂：善有善報，惡有惡報，因果是永遠相隨，也永遠相類的。是以我們欲想幸福快樂，就要諸惡莫作，眾善奉行。可惜迷途眾生，「不識善惡」因果報應，一向「惟懷貪」戀物質享受，慳「吝」不捨之心，「不知布施」，可獲無量福報。又「愚癡無智，闕於信」仰三寶的善根，只知「多聚財寶，勤加守護」，刻薄寡恩，分文不施，拔一毛以利天下亦不肯為。見有乞求幫助的人來，或慈善機構向他勸捐，「其心」則生厭惡「不喜」，假「設」因人事關係，或因面子問題，「不獲已而行施時」，則「如割身肉」一樣，「深生痛惜」。
復有無量慳貪有情，積集資財，於其自身尚不受用，何況能與父母、妻子、奴婢、作使，及來乞者？彼諸有情，從此命終，生餓鬼界，或傍生趣。
還有，世界上無量無數眾多慳貪的人，只知「積集資財」，願意作為一名忠實的守財奴，連他自己本身的享樂，尚且不捨得受用分文，何況能與父母、妻子、奴婢、作使、及來乞者分享自己的財富呢？殊不知世間財物，五家所共有，更不知百歲光陰一剎那，轉眼髮白面皺，無常終於到來，結果，萬般帶不去，唯有業隨身。「彼諸」不肯布施，利己利人的「有情」，由於生前慳貪的罪業，「從此」人道「命終」之後，即「生餓鬼界，或傍生趣」，受苦無量。
由昔人間，曾得暫聞，藥師琉璃光如來名故，今在惡趣，暫得憶念彼如來名，即於念時，從彼處沒，還生人中，得宿命念，畏惡趣苦，不樂欲樂；好行惠施，讚歎施者，一切所有悉無貪惜，漸次尚能以頭目手足，血肉身分，施來求者，況餘財物。
由於慳貪不捨之罪，墮落惡趣受苦的眾生，幸而往昔在人道中，「曾」經「得暫」時「聞藥師琉璃光如來名故」，已在八識田中，印烙下藥師佛號的種子。今由種子引生現行，故雖「在惡趣」中受苦時，忽然能「暫得憶念彼」藥師「如來名」，憑此憶念如來名號的功德，「即於念時，從彼處沒，還生人中」，得解脫三惡道之苦。而且憑佛力加被，「得宿命念」，能記憶前生由於慳貪之罪，曾經墮落在惡道受苦，現在因怖「畏惡趣苦」，再不敢因好樂五欲快樂的享受，而損人利己，薄人厚我；反而能捨己為人，「好行惠施」，或見他人布施，亦能隨喜功德「讚嘆施者」。對於自己「一切所有」的財物，「悉無貪惜」之心，而能歡喜布施，或從事社會公益事業發展，以謀利益群眾，或在需要時，尚且可以漸由外財布施，進而「能以頭目手足，血肉身分」等內財布施，例如：輸血，或捐贈身體各部分器官，給來求助的人，何「況其餘」身外的「財物」呢！
是藥師如來以布施之藥，對治眾生慳貪之病；所以慳貪有情，得聞藥師佛的名號，由佛力加被，便可以消滅慳貪無知之罪業，得成就檀波羅蜜的利益。
（2）滅犯戒謗法罪
復次曼殊室利，若諸有情，雖於如來受諸學處，而破尸羅；有雖不破尸羅，而破軌則；有於尸羅軌則雖得不壞，然毀正見；有雖不毀正見，而棄多聞，於佛所說契經深義，不能解了；有雖多聞而增上慢，由增上慢，覆蔽心故，自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨。如是愚人，自行邪見，復令無量俱胝有情，墮大險坑。此諸有情，應於地獄，傍生，鬼趣，流轉無窮。
「尸羅」是梵語，含有清涼、安穩、安靜、寂滅等四義，簡譯為戒。「若諸有情」，指人道中學佛修行的七眾佛弟子。「學處」，是指佛所制的戒，因為戒是佛弟子應當修學之處，例如：在家佛弟子，以受持五戒、八戒為其學處，出家二眾，以受持具足戒為其學處，菩薩以受持菩薩戒為其學處。故凡是佛弟子，都有應守的戒律，猶如社會群眾，必有其應守的法律一樣；若人犯戒，即毀私德，違背法律，是毀公德。如無正見，則損公益，不求多聞，是斷慧命。一個正信的佛弟子，或良善的公民，皆應嚴持佛戒，遵守國法，還要力求多聞，了解佛法，建立正知正見，深信因果，如法修證。所謂：「解行并進」。切忌曲解佛意，邪見熾盛，或得少為足，貢高我慢，淪落為魔鬼眷屬，自害害人。
佛告曼殊菩薩，有人雖然於「如來」正法中，「受持諸學處」，但不能持戒清淨而「破尸羅」。有人雖不致破尸羅，犯殺、盜、婬、妄等根本大戒，「而破軌則」。軌則，是僧團共住的儀軌法則，大?槃經說，出家人應常修七事：一歡喜和諧，猶如水乳；二恆共集會，講論經法；三護持禁戒，不生犯想；四恭敬師長，及於上座；五料理愛敬，阿練比丘；六勸化修營，三寶住處；七勤加精進，守護佛法。若然七事不修，是「破軌則」。
正見有世間及出世間之別，世間的正見，是知善惡，明因果，信四大皆空，五蘊無我，信修學佛法，可了生死，可證?槃；出世間的正見，不止理解諸法空性，還要深信人皆有佛性，人皆可以成佛，自己要發菩提心，勤求佛道，還要廣度眾生，令成佛道
如果有人雖然戒行無虧，也能遵守僧團的儀軌法則，可是思想錯誤，心念不正，得少為足，甚至未得謂得，未證謂證，每每傳播謬論，導致別人曲解佛教，是「毀正見」。
「有雖不毀正見，而棄多聞，於佛所說契經深義，不能解了。」這又是一類知見雖正，但學識膚淺的修行人，往往固步自封，不肯親近善知識，多參飽學，對「於佛所說契經」的甚「深義」理，當然「不能」理「解」明「了」。每以佛的不了義經，作為了義教，自誤誤人，實在罪過。
「有雖多聞而增上慢」，此又是一類思想有問題的學佛人。雖然肯廣學多聞，增長個人的佛學知識，卻因此貢高我慢，目中無人。或不專精佛典，而學異端邪說，以為博學多才，殊不知反而因此，生起增上慢，「由增上慢覆蔽」自心的緣故，往往以為自己的見解正確，而說他人的知見不對，因為「自是非他」的結果，「嫌」棄毀「謗」了佛的「正法」，成「為魔」鬼的「伴黨」而不自覺。「如是」破戒、毀正見、棄多聞、起增上慢、自是非他、嫌謗正法的愚蠢無智的人，不止自己的行為，淪落於邪知邪見，同時「復令無量俱胝（百億）有情，墮大險坑。」險坑，指三惡道，是陷害人的危險火坑，正所謂：一肓引眾盲，相牽入火坑。此等自行邪見，又令無量百億眾多有情，墮落邪見陷阱的人，可謂罪大惡極，理應永遠墮於地獄、傍生、鬼趣三惡道中，流轉生死，無有窮盡。
若得聞此藥師琉璃光如來名號，便捨惡行，修諸善法，不墮惡趣。設有不能捨諸惡行，修行善法，墮惡趣者，以彼如來本願威力，令其現前暫聞名號，從彼命終，還生人趣。得正見精進，善調意樂，便能捨家，趣於非家；如來法中，受持學處，無有毀犯，正見多聞，解甚深義，離增上慢，不謗正法，不為魔伴；漸次修行，諸菩薩行，速得圓滿。
此明聞佛名號，即得離惡生善益。惡行指破戒、邪見、謗法等罪行；善法指正見、精進等善行。惡行的人，若得聞藥師琉璃光如來名號，便可獲得佛的本願功德神力加被，而能捨惡行，修諸善行；由於轉邪歸正，轉惡為善，則善因得善果，再「不墮惡趣」，而得解脫三惡道之苦。
假「設有」業障深重的人，雖聞佛的名號，仍然「不能捨諸惡行，修行善法」，不能避免「墮惡趣者」，但「以彼」藥師「如來本願威力」，能「令其現前暫聞」藥師佛的「名號」，以此聞名功德，罪惡眾生即可從彼惡趣命終，還生人趣，而且得正見精進，修學佛法，善於調攝身心，令自己意樂出家修行，便能捨離家庭，趣向非世俗之家，而入如來法王之家，在「如來」的正「法中，受持學處（戒律），無有毀犯」，並且正知正見，勤求多聞，故能了解佛經的甚深義理，遠「離增上慢」，不再毀謗正法，不致墮落邪見為魔伴侶；如是「漸次修行諸菩薩」所修學的六度萬行，即可「速得圓滿」諸波羅密，而成就佛果菩提。
此是藥師如來，用戒度、進度、慧度之藥，對治眾生毀犯、懈怠、邪見等病，故能令犯戒、邪見、不求多聞的眾生，聞藥師佛名號，即可消滅毀犯、邪見、謗法等罪，而得持戒、正見、多聞等利益。
（3）滅嫉妒毀他罪
復次曼殊室利，若諸有情，慳貪嫉妒，自讚毀他，當墮三惡趣中，無量千歲受諸劇苦﹔受劇苦已，從彼命終，來生人間，作牛馬駝驢，恆被鞭撻，饑渴逼惱，又常負重，隨路而行。或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恆不自在。
人的富貴與貧賤，成功或失敗，皆由人宿世業力所使然，既非人與，亦非天賜，一切都是由自己自作自受。可惜世人無知，不肯努力自求多福，反而怨天尤人，每慳自己的所有，妒忌他人的成就，既貪求不已，心無厭足，且不喜他善，不耐他榮；往往自讚毀他，造種種惡業，《瑜伽菩薩戒本》言：「他實有德，不欲讚美，他實有譽，不欲稱揚。」反而惡意中傷，讒言毀謗，令人間「事修而謗興，德高而毀來」，是非?起，道德淪亡，可謂罪業深重，當然要「墮三惡趣中，無量千歲受諸劇苦。」受完地獄，餓鬼道中種種劇烈苦果報應之後，即「從彼」惡趣「命終，來生人間，作牛馬駝驢，恆被鞭撻」，既要忍受「饑渴逼惱」；又要常為人背負重物，「隨路而行」。畜生報盡，即使「或得為人」，仍然要受「生居下賤，作人奴婢，受他驅役」種種苦楚，一輩子「恆不自在」。
恆被鞭撻，是嫉妒的餘報；饑渴逼惱，是慳貪的餘報；生居下賤，作人奴婢，受他驅役，是自讚毀他的餘報。可知因果報應，絲毫不爽，正報受盡，還要受其餘報，我們誠應時刻警惕，勿作惡因，免招苦果。
若昔人中，曾聞世尊藥師琉璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依；以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恆求勝法，常遇善友，永斷魔罥，破無明殼，竭煩惱河，解脫一切生老病死，憂悲苦惱。
若果此類有情，往昔在人道中，慳貪嫉妒之時，如有機會「曾聞世尊藥師琉璃光如來名號，由此善因」，今惡報受盡，善因種子發生現行，即得復憶念藥師如來的名號，又能「至心歸依」藥師如來，藥師如來即「以佛神力」，加被此等生居下賤，不得自在的有情，令得「眾苦解脫」，同時還得諸根聰明伶利，智慧多聞，恆常發心追求大乘殊勝的佛法，而且常得值遇善友提攜，遠離惡知識，永遠斷除魔罥網，而能衝「破無明殼」的蒙蔽，枯「竭煩惱河」的沉溺。
無明煩惱，纏縛眾生，障蔽心智，猶如人墮在殼中，不見天日；若能突破無明煩惱的障蔽，令人內心智光顯現，照見真理，謂之破無明殼。三惑煩惱，能令眾生長期漂流生死苦海，求出無由，猶如暴漲的河流，有滅頂之患，謂之煩惱河。今既能智慧多聞，恆求勝法，又能如法修行，以戒定慧三無漏學的力量，斷除貪瞋癡等根本煩惱，其餘枝末煩惱的河流，亦隨之而枯竭，是名竭煩惱河。當知煩惱，是滋潤生死的源泉，是導致眾苦的根本；今既能破無明殼，竭煩惱河，自然可以「解脫一切生老病死，憂悲苦惱」的折磨。
此是藥師如來以福慧二嚴之藥，對治眾生不修福慧之病；慳貪嫉妒，是不修福德；自讚毀他，是缺乏智慧。由於眾生貧窮無福慧，故被慳貪嫉妒心所驅使，作諸惡業，而招致三惡道種種劇苦。幸而往昔得曾聞藥師佛名，以及今復憶念的功德，即可消滅慳貪、嫉妒、自讚毀他之罪，而得解脫眾苦的利益。
（4）滅鬥訟咒詛罪
復次曼殊室利，若諸有情，好喜乖離，更相?訟，惱亂自他，以身語意，造作增長種種惡業，輾轉常為不饒益事，互相謀害。告召山林樹塚等神，殺諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉羅剎婆等；書怨人名，作其形像，以惡?術，而?詛之；魘魅蠱道，?起屍鬼，令斷彼命，及壞其身。
「好喜乖離」，指個性乖張的人，喜歡搬弄是非，歪曲事實，說離間語，向甲說乙的不對，向乙說甲的不是，挑撥離間，鼓勵仇恨，目的是令彼此不和，從中取利，屬於口的惡業。更有一類好勇鬥狠的人，每因小事，即互相鬥爭，或口誅筆伐，甚至鬧上法庭，訴諸法律，結果兩敗俱傷，惱亂自己，又惱害他人。這種毫無道德修養的人，身則殺盜婬，口則兩舌惡口，妄言綺語，心則貪瞋癡，如是「以身語意」三業，「造作增長種種惡業」，豈止「輾轉常為不饒益」自他的「事」，而且更進一步「互相謀害」；在力不敵時，不惜採取邪惡之術，危害對方。例如禱「告山林樹」木的樹神，以及野「塚」孤墓之間的鬼「神」，請求樹木鬼神代為報復。或「殺」雞鴨牛羊等「諸眾生，取其血肉，祭祀藥叉羅剎婆等」鬼神，請祂們傷害對方，以洩心中憤恨。或書寫自己怨恨之人的名字，及其生辰八字，又造「作其形像」，以種種邪「惡咒術而咒詛之」；或以「魘魅蠱道」謀害對方。
藥叉，即是夜叉，譯名疾捷；羅剎，譯暴惡；魘魅，譯名甕形，皆是惱害人的惡鬼。「蠱道」，劇毒謂之蠱，蠱惑之道，是集眾毒蟲於一處，讓牠們自相殘殺，剩下最後一隻，將牠燒死，磨成粉末，暗中放入仇人的食物中，毒死對方。
「起屍鬼」，是用咒術，令死屍活動，然後給與刀劍，教令去斷彼仇人的性命，以及損壞其身體。此皆是瞋恨心重，又心術不正的人，所用不道德的惡毒手段，若不悔改，勢必墮落三惡道。
是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號，彼諸惡事，悉不能害。一切輾轉皆起慈心，利益安樂，無損惱意，及嫌恨心；各各歡悅，於自所受，生於喜足，不相侵陵，互為饒益。
「是諸有情」，是指被謀害的人。「若得聞此藥師琉璃光如來名號」，便仰仗佛的威德神力，使「彼諸」陷害自己的「惡事」，悉皆不能危害，反而能令惡鬼惡人，「一切展轉，皆起慈心」，變成「利益安樂」人間的善鬼善人，再「無損惱意，及嫌恨心」，彼此「各各歡悅」相處，於自己所有受用之物，即使貧窮困苦，亦能安守本份，生於歡喜知足想，不再為滿足自己無窮的慾望，而去侵害或陵辱他人，同時能「互相饒益」，和衷共濟。
此是藥師如來，以忍辱之藥，對治瞋心的病，是以因瞋恨心而喜歡鬥訟，惱亂自他的眾生，得聞佛名，即轉瞋恨為慈悲，轉凶惡為良善，轉互相侵犯，互相陷害，為互相饒益；令自已與他人，皆得安享其樂。
（二）持名增福得生善處
（1）得生佛國益
復次曼殊室利，若有四眾，苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦，及餘淨信善男子、善女人等；有能受持八分齋戒，或經一年，或復三月，受持學處。以此善根，願生西方極樂世界，無量壽佛所，聽聞正法，而未定者；若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八大菩薩，其名曰：文殊師利菩薩，觀世音菩薩，得大勢菩薩，無盡意菩薩，寶檀華菩薩，藥王菩薩，藥上菩薩，彌勒菩薩，是八大菩薩，乘空而來，示其道路，即於彼界，種種雜色，眾寶華中，自然化生。
「苾芻、苾芻尼」，是比丘、比丘尼的異譯，是出家修行的男女二眾。「鄔波索迦、鄔波斯迦」，即優婆塞、優婆夷，譯近事，意思是親近三寶，事奉佛法，是在家學佛的男女二眾。「及餘淨信善男子、善女人等」，是指四眾以外的沙彌、沙彌尼、式叉摩那，以及求受三歸五戒，或但歸依三寶，未受五戒，對三寶能生起清淨信心恭敬事奉的善男信女。「八分齋戒」是一不殺，二不盜，三不婬，四不妄語，五不飲酒，六不坐高廣大床，七不著香花鬘、不香油塗身、不歌舞及不往觀聽，八不非時食。前七種是戒，後一種是齋，合名八分齋戒。無論是已受五戒，或末受五戒的在家佛弟子，皆可以於每月初八，十四，十五，二十三，二十九，三十等六齋日，持此八分齋戒。或經常於每年正月，五月，九月等三長齋月，受持此八分齋戒，功德更大。因為佛經說：四天王於此三個月中，巡視至南贍部洲；故於此三個月中，持戒修福，功德倍勝。
「受持學處」，是受持佛制的禁戒。出家弟子，無論是受持沙彌、沙彌尼戒，是受持比丘、比丘尼的具足戒，或是受持菩薩的十重四十八輕戒，以及三聚淨戒；在家學佛的人，無論是受持五戒，八分齋戒，或在家菩薩戒，都有功德。若能「以此」持戒的「善根」功德，回向發「願生西方極樂世界，無量壽佛所，聽聞正法」的人，是應該可以往生極樂淨土的。今言：「而末定者」，可作兩種解釋，一是受持齋戒的人，只願生西方極樂世界無量佛所而已，但願猶未堅，志趣未定。其次是僅憑此齋戒的善根功德，發願往生，但信未深，願未切，行又未精，資糧未備，得生與否，仍未決定；臨命終時，若遇惡緣，難免墮落。此類有情，「若」果得「聞世尊藥師琉璃光如來名號」，又能專心持念，則「臨命終時，有八大菩薩」來指示其往生東方淨琉璃世界的道路。
文殊師利菩薩，譯名妙德或妙吉祥，本門深遠，曾為七佛之師，今?門示現在娑婆世界助釋尊教化，是華嚴三聖之一，代表大智。 觀世音，得大勢二菩薩，是西方極樂世界三聖之二，觀音菩薩尋聲救苦，代表大悲；大勢至菩薩，以智光普照三塗眾生，令離諸苦，得無上力，代表大力。無盡意菩薩發心無盡，願力無盡，代表大願；寶檀華菩薩，以因行之華，莊嚴佛果菩提，代表大行；藥王菩薩，能以法藥，治療眾生身心重病，代表大用；藥上菩薩，能以無上法藥，供養大眾，代表大仁；彌勒菩薩，得慈心三昧，救護眾生，代表大慈。大智、大悲、大力、大願、大行、大用、大仁、大慈，正是藥師如來具足的八種功德。
又文殊了了見佛性，表示正見；觀世音尋聲救苦，表示正語；得大勢普利眾生，表示正業；無盡意心願無盡，諦觀不二，表示正思惟；寶檀華勤修萬行因華，表示正精進；藥王善治眾病，憐憫眾生，表示正念；藥上能令眾生法身健康，表示正命；彌勒修唯心識觀，表示正定。「是八大菩薩，乘空而來，示其道路，」是表示藥師如來從畢竟空的法身理體，起大智等八德的妙用，來指示眾生八種聖道的道路，引導持戒修福的人，往生其國。
「即於彼界」是指彼東方淨琉璃世界。「種種雜色眾寶華中，自然化生」，但不同於六道四生中的化生，六道胎卵濕化四生中的化生，仍然是由業力變化而成形；今持戒念佛的眾生，既非煩惱業力為因，亦非父母貪愛為緣，而是依據自己的善根功德，與藥師如來本願功德威力，頃刻之間，即於彼淨琉璃世界，雜色寶華中，自然化生，且無男女性別，皆具大丈夫相，自身光明，與佛無異。
或問，往生佛國何需八大菩薩引導輔助？又何必是於欲生西方而未決定者？當知我們出門旅行，即使是在自己的國家，或近在鄰國，初次前往，仍然需要導遊帶領，何況遠在十萬億恆河沙佛國以外的淨琉璃世界？若無佛菩薩接引，如何辨別方向？又怎可以頃刻即到？因為彌陀法門，主張萬念放下，若能一心念佛，即與阿彌陀佛願力相應，故臨命終時，佛來接引，而得往生。至於藥師法門，則偏重有情現實生活的享樂，以消災障，增福壽為主，若有一類眾生，雖慕極樂淨土殊勝，願意往生，但信願不深，資糧未備，又因現前身心眾苦交煎，未能專心持名，未必一定可以往生，後得聞藥師如來聖號，至心誦持，希望消災免難，增福延壽，兼願往生藥師佛國，加以藥師如來本願慈悲攝受，故臨命終時，由此土名稱普聞的八大菩薩，乘空而來，示其道路，即可往生。何況藥師彌陀，東西雖隔，行願無異，國土莊嚴，亦無差別，但由眾生的願力與福德因緣，佛及菩薩即接引往生。
（2）上生天界益
或有因此，生於天上；雖生天上，而本善根，亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。
「或有」一類持戒的眾生，雖得聞藥師如來名號，亦能至心受持，可是但求人天福報；此時命終，亦可「因此」聞名持念的功德，得上生天界，享受天福。
佛經說：三界共有二十八層天，其壽命長短與福報大小，彼此各異；但同是屬於有漏之福，不能久享。當天福享盡，都有可能被宿世惡業所牽，再次墮落三塗受苦。是以永嘉禪師說：「住相佈施生天福，猶如仰箭射虛空；勢力盡，箭還墮，招得來生不如意，爭似無為實相門，一超直入如來地。」但持戒念佛的佛弟子，功德善根深厚，報生天國，受勝妙樂；即使天上壽盡，「而本善根，亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。」
（3）貴為人王益
天上壽盡，還生人間，或為輪王，統攝四洲，威德自在；安立無量百千有情，於十善道。或生剎帝利，婆羅門，居士大家，多饒財寶，倉庫盈溢，形相端正，眷屬具足，聰明智慧，勇健威猛，如大力士。
天人的壽命很長，在《俱舍論》說：「人間五十年，天上一晝夜，承斯壽五百，上五倍倍增。」即是說，欲界最下層的四天王天的天人，壽命五百歲，以人間五十年為一日。忉利天的天人，壽長一千歲，以人間一百年為一日。乃至第六層他化自在天，則壽命十六千歲，以人間千六百年為一日。至於色界十八天，則壽命以劫數計，詳見俱舍論。今持戒念佛的眾生，雖然「天上壽盡」，但由於善根末盡，不致墮落惡趣，故「還生人間」，猶貴為帝王。
佛教將人間帝王，分為轉輪王及散粟王兩類；轉輪王又分金輪、銀輪、銅輪、鐵輪等四種，分別掌管四大洲。鐵輪王管南贍部洲；銅輪王兼管南贍部洲及西牛貨洲；銀輪王除主管南西二洲外，還兼管東勝神洲；金輪王除管東南西三洲外，復管北俱盧洲。
據佛經記載，金輪王具足七寶千子，以道德威力感化四洲，普勸世人，共修十善，遠離十惡，身不殺、不盜、不婬，口不妄語、不兩舌、不惡口、不綺語，意不貪、不瞋、不癡；可謂推行德政，使人皆思想淨化，人皆接受道德教育，建立理想的人格，共同過著美滿又幸福生活。所以說：「統攝四洲，威德自在，安立無量百千有情於十善道。」因此，被稱為轉輪聖王。
「剎帝利」，是古印度四種姓中，執掌國法，治理國家的王族。四大部洲中，國家眾多，而每個國家，皆有其國王或總統，是以此類人王，其數多如散粟，因名散粟王。「婆羅門」，是專管宗教祭祀禮儀的祭師；「居士大家」，是富有多財的企業家；都是屬於人道中尊貴的族類。持戒念佛生天的人，因善根深厚，雖然天上壽盡，亦不會再墮落三惡道，而還生人間，依其福報大小，或貴為轉輪聖王，或為人王，或生婆羅門，居士大家，不止衣食豐足，「多饒財寶，倉庫盈溢」，而且自身「形相端莊」，家庭美滿，「眷屬具足」；既「聰明智慧」，又身體健康，「勇健威猛，如大力士」。令人畏敬服從。這些福氣，固然是自己持戒修善的結果，而亦是因聞名稱念，藥師如來聖號的功德所致。
（4）轉生男身益
若有女人，得聞世尊，藥師琉璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身。
現代文明社會，雖然實行男女平等制度，但事實上，很多國家，未必盡然。除非是乘願再來，為度女性，而現女身的大菩薩，否則，女人是有很多理由，討厭女身的。釋尊說：「若有」厭惡女身的「女人，得聞世尊藥師琉璃光如來名號」，而能「至心受持」，必蒙藥師佛慈悲加被，來生將不再受女形，而且生生世世，皆得大丈夫身，直至成佛，「不復更受女身」。
（三）持咒治病終成菩提
（1）佛觀病苦入定說咒
復次曼殊室利，彼藥師琉璃光如來，得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦，瘦攣乾消，黃熱等病，或被魘魅蠱毒所中，或復短命，或時橫死。欲令是等病苦消除，所求滿願；時彼世尊，入三摩地，名曰：除滅一切眾生苦惱，既入定已，於肉髻中，出大光明，光中演說，大陀羅尼曰：
南謨 薄伽伐帝 鞞殺社 窶嚕 薜琉璃 缽喇婆 喝囉闍也怛他揭多也 阿囉喝帝 三藐三勃陀耶 怛姪他 唵 鞞殺逝 鞞殺逝 鞞殺社 三沒揭帝 莎訶
爾時光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生，病苦皆除，受安隱樂。
瘦攣是肺病，乾消是糖尿病，黃是黃疸病，熱是大熱症，等是等於其他傷寒，感冒，以及人體各部份器官可能發生的疾病。此外，或被怨敵咒詛召請「魘魅」作祟而致病，或被人暗中放置蠱毒而致病…。總之眾生的疾病多多，雖然現代醫學發達，藥物昌明，但被發現的病症更多、更複雜，很多不治之症，往往令人夭折，謂之「短命」；或中蠱毒，壽末盡而命終，謂之「橫死」。
人致病的原因雖多，但最主要的是眾生的體質，由地水火風四大原素組合而成，每因四大不調而生病，四大衰退而老，四大分散而死；所謂生老病死苦，人所難免。又人每因貪求滿足一己的私慾，只知有我，不知有人，往往損人利己，薄人厚我，結怨多端；但限於環境，非聚會一處，共同生活不可，是「怨憎會苦」；恩愛眷屬，無奈逼於環境，各散東西，或為壽命所限，生別死離，是「愛別離苦」；人生不如意事，十常八九，雖然滿懷希望，雄心萬丈，可是現實無情，往往事與願違，令人失望，是「求不得苦」；還有，眾生的生命，由五陰所造，當物質與精神無法平衡發展時，何止問題百出，而且百病叢生，令人身心飽受煎熬，是「五陰熾盛苦」。此外，還有自然界的災害，人事界的衝突與人為的禍患，隨時隨地，都可能降臨每個人的身上，故佛說：「三界無安，猶如火宅；眾苦充滿，甚可怖畏。」
然眾苦中，又以病苦為甚；多少人因為病而放棄學業的進取？多少人因為病而障礙事業的發展？又多少人因為病而悲觀，而厭世，而自毀前程？特別是被惡疾纏身的人，群醫束手無策，藥物罔效時，終日臥床呻吟，求生既不得，求死亦不能，多麼苦惱！「彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦，」實在可憐可憫，因此，為「欲令是等」眾生，「病苦消除，所求願滿，」故「入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱。」
『三摩地』，譯名正定，又名等持，即等持身心，專注一境。藥師如來，「既入定已」，即「於肉髻中出大光明」。肉髻，是三十二相中的肉髻頂相，又名無見頂相，是佛全身最高貴的所在。佛於此放大光明，又在「光中演說大陀羅尼」神咒，是表示從最高的定力，發出最高級的智慧，又從最高級的智慧，流出不可思議的妙用，是以能拔除眾生的病苦，給予眾生「所求願滿」的快樂。
梵語「陀羅尼」，譯名總持，即總一切法，持無量義。又名能持能遮，意思是能持一切善法，攝一切功德，令不散失；能遮障一切惡法，令不生起。可分為四：
一聞陀羅尼，是於佛的教法，聞持不忘。
二義陀羅尼，於諸法義理，總持不失。
三咒陀羅尼，依禪定功力，發出秘密語，有不測的靈驗。
四忍陀羅尼，是於諸法實相理，安住不動。今藥師如來於定中所說的，是第三種咒陀羅尼。
咒，又名真言，是諸佛菩薩，從禪定中所發的秘密語，有不可思議的妙用，能令持誦咒語的人，善根增長，罪惡消滅。《大乘義章》言：「菩薩依禪能起咒術，為眾除患，第一靈驗，名咒陀羅尼；菩薩依禪備起多用，隨用別論，即有無量陀羅尼門。」今藥師佛所說的咒，在無量陀羅尼門中，是「除滅一切眾生苦惱」的咒陀羅尼。咒語，在四例五不翻中，是翻字不翻音，與秘密故不翻。今不妨略述其義如下：
「南謨」即南無的異音，譯為皈依或敬禮。「薄伽伐帝」，即薄伽梵的異名，譯名世尊。「鞞殺社窶嚕」，譯藥師，「薜?璃」，譯琉璃，「?喇婆」譯光，「喝囉闍也」譯王，「呾他揭多耶」譯如來，「阿囉喝帝」譯應，「三藐三勃陀耶」譯正等覺，綜合而言：即是皈依世尊，藥師琉璃光王如來，應正等覺。
「怛姪他」，意思是：即說咒曰，唵字以下，才是咒陀羅尼的開始。「唵」字應讀翁音，在佛菩薩言，是總攝四智菩提，以及一切佛果無漏功德；又能掃除一切邪惡染法，圓成一切清淨善法。所以唵字，是總持中的總持，因此一切咒的開始，皆冠以唵字。在持咒人言，唵字應該是含有皈命、敬禮、供養、警覺、攝伏等義，意思是持念諸佛菩薩的咒語時，除志心皈命敬禮，三業清淨，供養三寶外，還要提高警覺，抑制妄念，專一誦持，即可攝伏一切魔怨，蒙諸佛菩薩加持護念。「鞞殺逝，鞞殺逝」，都是治病所用的藥物，「鞞殺社」，是能用藥治病的藥師，今雙舉鞞殺逝，意思是藥師如來，既用藥物治癒眾生，生理上的種種疾病，還用法藥治癒眾生，心理上的種種煩惱病，令眾生身心重病，悉皆消除。「三沒揭帝」譯普度，「娑訶」譯速成就，綜合其大意是：藥師佛以藥醫治眾生身心眾病，普度一切眾生病苦的大願，速得成就。
當藥師佛在「光中說此咒已，大地震動」，而且「放大光明」，普照十方，令十方世界中，「一切」受病苦逼迫惱害的「眾生」，接觸佛光，業障消滅，即得「病苦皆除」，取消疾病纏身的苦惱，享受安康穩定，幸福快樂的生活。
（2）持咒治病得滅苦益
曼殊室利，若見男子女人，有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食或藥，或無蟲水，?一百八遍，與彼服食；所有病苦，悉皆消滅。
持咒不同誦經念佛，誦經一定要了解經中所詮的義理，依照佛所開示的法門，及修學的方法去實行，始可得益。念佛雖然貴在一心，但也要知道佛的名號所含的意義，及佛的本願功德，以啟發自己的信心，然後專心持名。唯獨念咒，但憑信心與恆心，三業淨勤，便可得益；無需了解咒語所含的意義。因為咒的含義很多，且屬於諸佛菩薩，在定中所發的秘密語，屬於秘密不翻，即使翻譯，亦往往掛一漏十，或此土言語，無法表達其含義與境界，所以不必力求了解，但能集中意志，一心持誦，自然有一股潛在的力量，令持咒的人，達到自己所求的願望。
據傳說：從前有一個不務正業的人，為貧賤所逼，流浪異國，冒充貴族，竟被異國公主招為駙馬，自此顯貴，傲氣凌人，尤其每逢進食時，都借故大發脾氣，公主無奈，唯有求助於中國商人，以謀挽救婚姻危機。商人授予公主一偈：「無親往他國，欺誑一切人；粗食是常食，何勞復作瞋。」并囑咐公主，當駙馬發脾氣時，即高聲誦念。駙馬以為公主，已知穿他的秘密，不敢再發脾氣；其實公主并不了解偈語的內容，只是深信中國商人所授的方法，如說實行而已。我們持念諸佛菩薩的咒語也是一樣，以深信不疑的心去誦持，雖不明白咒語的內容，卻與佛菩薩的願力相應，而獲得靈妙難思的利益。
特別是藥師佛在「除滅一切眾生苦惱」的正定中，所說的咒語，對病苦眾生，尤具特效。故釋尊囑咐曼殊菩薩：「若見男子女人，有病苦者，應當一心為彼病人」誦持藥師如來所說的神咒。本來念經持咒，最好是自己修持，不過若因病重，不能自念，可由親屬或別人代替。為病人持咒時，先要洗澡、漱口，常保持身心清淨，然後用病人的飲食、藥丸、藥水，或無蟲的淨水等物，持咒一百零八遍，然後給與病人服食。
「一心」是意業清淨，「澡漱」是身業清淨，「誦咒」是口業清淨，如是以清淨的三業，持咒加持病人的飲食與藥物，自然仰仗藥師神咒不可思議的功力，令病人業障消除，「所有病苦，悉皆消滅」。
（3）持咒滿願得延壽益
若有所求，至心念誦，皆得如是，無病延年。
「所求」，是眾生心中的願望，「至心」是三業清淨，「念誦」，是用至誠懇切的心，念念不忘，誦持無間，甚至念而無念，無念而念，持咒之心，與佛慈悲拔苦與樂之心，連在一起。自然若有所求，都「皆得如」願「是」償，無論是求消災，求免難，求財富，求健康，求長壽，甚至求速斷煩惱，求疾證菩提，無不皆得稱心如意；何止卻魔除病，還可以延年益壽，所以說：「無病延年」。
（４）持咒往生得菩提益
命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。是故曼殊室利，若有男子女人，於彼藥師琉璃光如來，至心慇重，恭敬供養者，常持此?，勿令廢忘。
至心誦持神咒，不止現生卻病延年，有求皆遂，還可消除業障，增長善根，「命終之後」，得往生彼淨琉璃世界，聞法修行，得不退轉，乃至由發心菩提，進而得伏心菩提，明心菩提，出到菩提，直至究竟菩提。
「是故曼殊室利」以下，是釋尊結勸受持。「是」承上持咒可卻病延年，可滿所願，可往生佛國，終成菩提的緣「故」，佛告「曼殊室利，若有男子女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重，恭敬供養者」，應當時常受持誦念，此藥師如來所說的神「咒」，切勿疏懶廢棄，忘記受持。
「至心」是專一不亂，「殷重」顯非怠慢，「恭敬」表示尊重。若用香、花、燈、果等物質是財供養，深信受持，誦念無間是法供養。無論是用財供養，或法供養，都要三業清淨，至誠恭敬，既專一又精進，如是持之以恆，始可得益。
（四）供養消災獲福免難
（1）供養三寶得護念加持
1.供養三寶
復次，曼殊室利，若有淨信男子女人，得聞藥師琉璃光如來，應正等覺，所有名號，聞已誦持；，晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香花，燒香塗香，作眾伎樂，供養形像。於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義；於彼法師，應修供養，一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少。
「淨信」，揀非迷信或誤信，因為迷信或誤信，皆含有錯誤的成份；今此淨信，是含有信實、信德、信能等三義。信諸法實相理，是眾生本具的佛性，故人皆可以成佛，是信實；深信佛、法、僧三寶，皆具有真實功德，能救濟眾生，令人離苦得樂，是信德；信自己如法修行，一定可以斷煩惱，成佛道，是信能。果能成就信實，信德，信能的信心，就是「淨信」。淨信的男子女人，是能聞、能持、能供養的人。
「得聞藥師琉璃光如來，應正等覺，所有名號」以下，是所聞、所持、所供養之境。如來有三身，《成實論》言：「乘如實道，來成正覺」是應身如來；《起信論》言：「本覺名如，始覺名來」，始本合一，是報身如來；《金剛經》言：「無所從來，亦無所去，故名如來」是法身如來。我們不但要恭敬供養，受持應身如來，更要恭敬受持報身如來與法身如來，以及受持如來「所有名號」；應正等覺，是如來所有名號中的「應供」與「正遍知」兩種。正遍知是般若德，顯真諦理；應供是解脫德，顯俗諦理；如來是法身德，顯中道理。我們因聞藥師佛的如來、應、正等覺的名號，而聯想到佛的三德，進而明白佛所說的三諦理，如說修行，才是真正的「聞已誦持」。
聞於耳是身業，誦於口是口業，持於心是意業。三業恭敬之外，還要「晨嚼齒木，澡漱清淨。」二千多年前，還沒有發明牙刷、牙膏等清潔口腔的日用品，當時的人，晨早起來，用楊柳樹的樹枝，放在口中咀嚼以漱口。漱口完畢，還要洗澡，然後以諸香花，或燒香，或塗香，及用種種樂器，作眾伎樂，供養藥師如來的「形像」，如是內則三業清淨，外則壇 場莊嚴以供佛，是供養佛寶。
另一方面「於此」說明藥師如來本願功德的「經典」，或自己書寫，或教人書寫，在現代言：該是自己出錢，或勸導他人出錢印贈此經；以及「一心受持，聽聞其義」，如法修行；是供養法寶。
同時，亦供養演說弘傳此經的法師。法師有五種：一受持法師，二讀經法師，三誦經法師，四解說法師，五書寫法師。受持讀誦是自利法師，演說書寫，流通正法，是利他法師。我們固然要供養，受持讀誦以自利的法師，更加要恭敬供養，演說書寫利他的法師；因為由法師演說此經，眾人始知藥師佛的功德殊勝，而發心受持讀誦，或書寫流通。所以我們於彼演說經典，令正法流通的「法師應修供養」，凡是日常生活所需要的「一切所有資身之具」，包括飲食、衣服、臥具、湯藥，與交通等；使弘經法師在衣食無缺，一切便利的環境中，專心演說經法，利樂眾生，續佛慧命，是供養僧寶。
2.諸佛護念
如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提。
若能如前文所說，「如是」用清淨的三業，恭敬供養三寶，則不僅藥師如來歡喜，十方諸佛無不歡喜，「便蒙諸佛護念」不捨，令供養三寶的人，「所求願滿」，在佛法中，精勤修學，「乃至」證得無上「菩提」。
3.文殊加持
爾時，曼殊室利童子白佛言：世尊！我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信，善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中，亦以佛名覺悟其耳。
當釋尊開示至能恭敬供養三寶，便蒙諸佛護念時，曼殊菩薩為加持後世眾生，即對釋尊發誓，願於釋尊滅後，「於像法轉」入末法時，以種種善巧方便，令一切具足淨信的善男子、善女人，都有機會，「得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至」眾生在睡夢時，亦令其在不知不覺中，耳根得聽聞藥師佛的名號，醒後即能受持稱念，供養三寶，而獲得諸佛護念。同時對釋尊詳述供養經典的方法，令末法眾生，依之受持，而得諸天守護的利益。
4.諸天守護
世尊！若於此經，受持讀誦，或復為他演說開示，若自書，若教人書，恭敬尊重；以種種華香、塗香、末香、燒香、花鬘，瓔珞，幡蓋、伎樂，而為供養；以五色綵，作囊盛之；掃灑淨處，敷設高座而用安處。爾時四大天王，與其眷屬，及餘無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。
文殊菩薩對釋尊言：末法時代，若然有人以恭敬心、尊重心，受持讀誦，此《藥師琉璃光如來本願功德經》，又復為他人解說開示，此經所詮的義理；或自己書寫，或教他人書寫此經；又以花、香、塗香、末香、燒香、花鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂等供養此經；更用五色綵絹，作袋盛放此經；並於灑掃清淨的高處，設壇安放此經；當如是安奉供養經典之時，四大天王及其眷屬，并其餘無量百千天眾，護法善神，皆來守護。
四大天王：是東方持國天王，南方增長天王，西方廣目天王，北方多聞天王。四天王天，居三界諸天之下，距離人間最近，可以護世護人，故又名護世四王。「并其餘無量百千天眾」，是指四天王天以上，忉利天等諸天。如果有人能夠：一、自己受持讀誦此經，二、為他人演說開示，此經的義理，三、自己書寫及教人書寫此經，四、恭敬尊重，香華供養此經，五、作綵囊盛放此經，六、於淨處設高座安奉此經；則四大天王，及諸天善神，為了尊重法寶，也為了隨喜功德，就會降臨此供奉經典之處，守護道場；免諸惡鬼神，擾亂破壞。
5.免諸橫死
世尊！若此經寶，流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德，及聞名號，當知是處，無復橫死；亦復不為，諸惡鬼神，奪其精氣，設已奪者，還得如故，身心安樂。
文殊菩薩又對釋尊說：若在此藥師「經寶流行」的地區，有人能夠恭敬受持讀誦，則以彼世尊，藥師琉璃光如來本願功德的力量，及聞藥師佛名號，而能憶念受持的功德，「當知是處無復橫死」。
橫死的原因很多，或因疾病，缺乏醫藥而橫死，或因觸犯法律，受刑罰而橫死，或因天災人禍，或因交通意外而橫死，或被魘魅諸惡鬼神，奪其精氣而橫死。《法華經陀羅尼品》有十羅剎女，發願擁護讀誦受持《法華經者》，其中最後一名就是「奪一切眾生精氣」的羅剎女；此等女鬼，由於業力驅使，生啖血肉，及攝取人的精氣，以維持生命。不修善業，或作惡多端的人，善神遠離，諸惡鬼神即得其便，奪其精氣而致橫死。本經下文救脫菩薩告訴阿難尊者，橫死有九種之多。但在此《藥師琉璃光如來本願功德經》流行的地方，若有人能至心受持讀誦，或但聞佛名而能稱念佛號，便可以避免種種橫死，亦「不復為諸惡鬼神奪其精氣」；即使已被惡鬼奪其精氣，今因得聞佛名，又能受持讀誦，供養經典，即蒙藥師如來本願功德神力加被，還得恢復精力，健康如故，而且獲得「身心安樂」的利益。
（2）受持法門可獲福免難
1.受持方法
佛告曼殊室利，如是！如是！如汝所說。曼殊室利，若有淨信善男子、善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之。散種種花，燒種種香，以種種幢幡，莊嚴其處。七日七夜，受八分齋戒；食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣。應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情，起利益安樂，慈悲喜捨平等之心。鼓樂歌讚，右繞佛像，復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示。
因為文殊菩薩，誓於像法轉時，用種種善巧方便，加持末法眾生，令得聞藥師佛名號，聞已誦持，及供養三寶，便蒙諸佛護念，諸天守護，無復橫死。不僅事實如此，而且對末法眾生，有很大的利益。因此釋尊雙舉「如是」，以印證其所說，及讚許其弘願；同時開示供養受持，藥師法門的方法，令末法眾生有所遵從。
佛告曼殊室利：若果有淨信的善男子、善女人，欲想供養彼世尊，藥師琉璃光如來，首先應該造立藥師佛的形像，或用木雕刻，或用金、銀、銅、鐵鑄造，或用泥塑，或用彩色繪畫，藥師七佛如來的聖像；在清淨的地方，設立供養佛像的殿堂，在殿堂的中央，敷設高座以安置佛像；又在佛像前散種種花，燒種種香，用種種幢幡、寶蓋，莊嚴供佛的殿堂。
其次，就是在七日七夜中，受持八分齋戒，食清淨的素食，及過午不食；還要日日澡浴香潔，與更換清淨的衣服，令身業清淨。同時不可產生垢穢污濁的心，而起清淨心，亦不可因憤怒而產生害人之心，而起慈悲心；不但同情愛護，利益安樂自己的父母眷屬，而且愛護同情利益安樂，一切凡有生命的有情；平等與一切有情之樂（慈），平等拔一切有情之苦（悲），平等隨喜一切有情的功德，而不生嫉妒（喜），平等捨棄一切人我是非的觀念，而不生執著（捨）。無垢濁心即是不貪，無怒害心即是不瞋；大慈、大悲、大喜、大捨的平等心即是不癡；不貪、不瞋、不癡就是意業清淨。然後用清淨的身心，「香華供養」佛的形像；用清淨的身心，「鼓樂歌讚」佛的功德；用清淨的身心「右繞佛像」。
繞佛是表示恭敬，其匝數不定，有繞佛三匝、七匝，或百千匝；中國以左為大，印度以右為大，是以繞佛皆從右而左，又右旋表示順從佛教，趣向菩提。最後用清淨的身心，稱念藥師佛的聖號，與想念佛的本願功德；用清淨的身心「讀誦此經」，及思惟此經的義理；更要用清淨的身心，為眾生演說開示此藥師經，就是口業清淨。
綜上可知，受持藥師法門的方法是：一、造立佛像，二、廣修供養，三、三業清淨，四、鼓樂歌讚，五、右繞佛像，六、稱念佛號，七、想念佛的本願功德，八、讀誦此經，九、思惟此經義理，十、為人演說開示此經；果能如是以清淨的三業，恭敬受持以上十法，一定可以獲得增福免難的利益。
2.受持獲福
隨所樂求，一切皆遂；求長壽，得長壽﹔求富饒，得富饒﹔求官位，得官位﹔求男女，得男女。
果能如前所說：三業清淨，如法供養，受持藥師法門，則「隨所樂求，一切皆遂」。人的愛好彼此不同，但長命富貴，兒孫滿堂，都是一般人所共同追求的願望。特別是財富，古人說：「天下熙熙，皆為利來，天下攘攘，皆為利往。」甚至利之所在，趨之若騖。人有了利，還要求名，求壽，求子孫滿堂；否則富而不貴，或貴而無壽，或壽而無嗣，都是人生的缺憾。故世人除了熱衷名利，追求長命富貴外，還要生兒育女，承歡膝下；不然，一生勞苦積蓄，誰來承繼？殊不知「富貴榮華像春夢，百歲光陰一剎那。」世間財富，五家共有；壽命雖長，終非永恆。一旦無常到來，萬般帶不去，唯有業隨身；上天堂，入地獄，唯有自作自受，兒孫怎能代替？何況一失人身，萬劫不復，六道輪迴，求出無由，何等苦惱？藥師如來，憐憫此輩愚癡無智的眾生，故運用權巧方便，先施以人間福祿，隨人所樂求，一切皆得稱心如意，「求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女」，然後施以出世間種種功德法財，令生福德智慧之男，育慈悲有相之女，進而證得法身無量的壽命，貴為法王，登法王位，行法王權，名遍十方，利樂有情。
學佛的人，應該由追求世間的長壽，進而追求法身的無量壽；由追求世間的富饒，進而追求出世間無量的功德法財；由追求世間的官位，進而追求佛果無上菩提的法王位；由追求世間的男女，進而追求佛道智慧之男、慈悲之女為目的，這也是藥師如來悲心救苦，利樂有情的本願。
3.受持免難
受持藥師法門，不但可以增益壽命與財富，獲得兒孫滿堂的福祿，甚至證得佛道法身無窮無盡的壽命；同時還可以避免現實生活中，所遭遇的種種苦難。以下是釋尊略說，受持藥師法門，可免各種災難的功德。
一免百怪出現難
若復有人，忽得惡夢，見諸惡相，或怪鳥來集，或於住處，百怪出現；此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊，藥師琉璃光如來者，惡夢惡相，諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患。
惡夢，亦怪事之一；人皆有夢，但人皆不知因何有夢。佛言夢境，是由眾生顛倒妄想分別心生；所謂：顛倒妄想，是指人的意識。意識有二：
一是俱生意識，即是與眼等五識，同時生起分別作用的意識；例如眼對色起分別好醜，是眼識的作用，若然內心同時生起愛惡取捨之念，便是俱生意識的功能。
二是獨頭意識，當眼等五根，不對境起分別時，或人熟睡，前五識都停止工作時，此意識單獨行動，或緣前五識分別外境時，所遺留的前塵影事，或緣未經前五識分別的法塵，謂之獨頭意識。
二乘聖人，雖已斷意識，但意根尚在，法執未亡，時或有夢；唯獨諸佛，已轉識成智，故得無夢。人發夢的原因有五：
一、由外境引發：眾生因內有識心分別，故能接受外境牽引，導致夢境。例如已故的親友，因思念自己的親屬或朋友，當其熟睡之時，便來與其神識相會；或信佛虔誠，感佛菩薩現身說法，指示正途，或來摩頂授記…，都是好夢，當然靈驗。若人生平，作惡多端，被諸惡鬼神所纏，因此惡夢連連；或被怨敵咒詛，邪術逼害，發生種種恐怖境象，這種惡夢亦多靈驗。
二、因曾經歷：例如日常生活中所發生一切如意及不如意的事；或因新聞媒介，得知外界發生各種幸與不幸的消息，印烙於心，夜則夢見，多不靈驗。
三、預感先兆：有人特別敏感，將發生吉祥或不吉祥的事，先於夢中得見，成為事發的先兆。如果有人預感不祥，若能供養三寶，自求多福，或可阻止不幸的事件發生；所以此類預感先兆的夢，或靈驗，或不靈驗。
四、由意識分別：因為人的意識，常懷某種希望，思慮在心，便在夢中出現，所謂日有所思，夜有所夢。此由人的意識想像而致夢；想善則夢見好事，想惡便有惡夢出現，皆虛妄無憑，不會靈驗。
五、因病所致：當人病危，神志不清，往往夢見很多不尋常的事，或說夢話，皆非事實。
今言：「忽得惡夢，見諸惡相」，該是諸惡鬼神為患，或被怨敵咒詛所致。怪鳥指貓頭鷹、烏鴉之類，突然飛來屋簷聚集；或於住宅之內，發生種種怪異的事，如燈光自息，器皿自破，怪聲頻傳，或黑影幢幢，此等怪事，皆是個人或家庭，將發生不幸的先兆。若能依前文所說，供養受持藥師法門，「以眾妙資具，恭敬供養，彼世尊藥師琉璃光如來」，及至心稱念佛的聖號，則惡夢惡相，諸不吉祥的事，「皆悉隱沒，不能為患」。
二免一切怖畏難
或有水火，刀毒懸險，惡象獅子，虎狼熊羆，毒蛇惡蠍，蜈蚣蚰蜒，蚊?等怖；若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏，皆得解脫。
水火是自然界的災害，刀槍毒藥臨身，或懸崖涉險，皆是人為的禍患；至於惡象獅子虎狼熊羆等，都能危害人的身命，令人遇之心生恐怖。但若能依前文所說供養之法，恭敬供養，憶念受持，彼世尊藥師琉璃光如來聖號，則一切怖畏境象，悉皆消滅，而得解脫。因為人之所以被水所溺，為火所焚，皆由宿業所招；或為惡獸所傷，毒蟲所害，皆因內心充滿貪瞋癡等毒素，故招致外毒來侵。今既能受持藥師法門，承佛本願功德加持，自可消除宿業，增長慈悲；內毒既消，則外毒豈能為患？所以得免一切怖畏之難。
三免外侵內亂難
若他國侵擾，盜賊反亂；憶念恭敬，彼如來者，亦皆解脫。
他國侵擾，盜賊反亂，是眾生共業所感，屬於國難，都會禍國殃民，給人間帶來疾苦。特別是我們生逢亂世，生活於內憂外患中，生命財產，都受威脅，怎能安枕無憂？際此憂患不安之時，若能依前文所說供養之法，修持藥師法門，專心憶念彼世尊，藥師琉璃光如來聖號，承此供養受持的功德，與藥師如來本願神力加被，自可消除眾人的共業，得免外侵內亂的災難。
四免毀犯墮落難
復次曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形，不事餘天，唯當一心，歸佛法僧，受持禁戒；若五戒、十戒，菩薩四百戒，苾芻二百五十戒，苾芻尼五百戒，於所受中，或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號，恭敬供養者，必定不受三惡趣生。
前三難通於一切人，今此難則限於佛弟子，佛弟子毀犯禁戒，墮落惡道，亦是苦難之一。佛的戒律品類很多，在《大方便佛報恩經》說：戒有上中下品，五戒是下品，指在家男女所應受持的戒；十戒是中品，指出家沙彌、沙彌尼所受持的戒；具足戒是上品，指比丘、比丘尼所受持的戒。然則菩薩戒，該是上品的上品；因為前三戒只是菩薩戒的前方便，正如善戒經所說：必須受持五戒，始可受沙彌、沙彌尼十戒；必須受持沙彌、沙彌尼十戒，始可受比丘、比丘尼戒；具足戒受持清淨，然後可以進一步受菩薩戒。
菩薩戒，是指《瑜伽菩薩戒本》所說的四十三戒，或《梵網經》所說的十重四十八輕戒；具足戒中，比丘戒是二百五十，比丘尼戒是三百四十八。今經中說：「菩薩四百戒，比丘二百五十戒，比丘尼五百戒。」應當別有戒本或經論所載，留待他日查證。
戒是修行的根本，成佛的基地。《大智度論》說：若下持戒生人間，中持戒生六欲天，持戒又修四禪八定，生色無色界天。上持戒又分上中下：下持戒清淨，得阿羅漢道；中持戒清淨，得辟支佛；上持戒清淨，終得佛道。是故凡佛弟子，皆當受持佛所制的戒，直至一期壽盡，生命終止之前，都不應該再事奉其餘天魔外道，「惟當一心歸佛法僧」，或受持下品五戒，或受持中品十戒，或受持上品具足戒，甚至受持上上品菩薩戒。如果「或有毀犯，怖墮惡趣」而能夠發露懺悔，痛改前非，又能專心稱念，彼世尊藥師琉璃光如來的名號，自可蒙佛本願功德威力慈悲攝受，得免墮落三惡道的苦難。
五免女人難產難
或有女人，臨當產時，受於極苦，若能至心稱名禮讚，恭敬供養彼如來者，眾苦皆除；所生之子，身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人，奪其精氣。
當今醫學昌明，產科技術，日益進步，婦女生產，雖然痛苦難免，但已非災難；不過，如果產婦生理發生問題，或母子互有宿怨，將會導致難產，何止痛苦萬分，且生命危在旦夕。此時產婦本人，若能至誠懇切，稱念藥師如來聖號，或其家屬代為受持藥師法門，恭敬供養三寶，則不僅眾苦皆除，轉危為安，順利生產，而且所生之子，絕不會醜陋殘疾，或是夭折；而是六根具足，相好端莊，聰明伶利，人見人愛，自少而壯而老，皆平安穩定，少病少惱，不被非人類的鬼神，奪其精氣。
或有人言：婦人產子，最為污穢，此時念佛，豈非猥瀆神靈？當知諸佛菩薩，並非一般內心仍有喜怒愛惡之情的神靈，而是超越三界六道一切是非好醜，染淨諸法的出世間聖人；淨與穢的分別，愛與惡的情懷，皆是眾生境界，與佛菩薩無關；何況諸佛菩薩，等視眾生，猶如赤子，眾生患難，不問淨穢，無不施救。例如慈母，眼見子女墮落毛坑，必然捨命搶救，絕不會因厭惡其臭穢，而袖手旁觀，任由其溺斃。故眾生有難，不管是在水裡火裡，無論是淨是穢，但能專心稱念佛的聖號，必然得免於難，無需置疑；不應該僅憑一己的固執，妄生分別淨穢，自誤誤人。
八、問答除疑勸信受
（一）問答決疑顯能信希有
前文釋尊讚說，藥師如來種種功德，微妙難思，恐人聞而不信，將招致謗法墮落之罪；是以於此欲借問答，以除眾疑。本來文殊菩薩，是此經的發起眾，但文殊菩薩是七佛之師，對於佛的境界當然明了，怎會不信？因此，釋尊唯有徵問阿難，是否能夠信受？以顯信受的功德。
（１）佛問阿難
爾時世尊，告阿難言：如我稱揚彼世尊，藥師琉璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了，汝為信不？
阿難譯名慶喜，是佛堂弟，於佛成道日降生，後從佛出家，佛弟子中，多聞第一；於佛所說十二分教，皆能信受不疑，且持佛法藏，永憶不忘。今釋尊稱揚讚歎，彼淨琉璃世界，藥師琉璃光如來，所有依正莊嚴，行果功德，此正是諸佛最深奧、最秘妙的境界，唯佛與佛，方能盡知，等覺菩薩猶如隔紗觀月，朦朧不清，何況阿難示現凡夫，當然對於佛所證之實相理體，感覺高深莫測，即使是佛從理體所起，濟物利生的方便妙用，亦無法理解，唯有從信接受，故佛問阿難：「汝為信不」？
（2）阿難答信
阿難白言：大德世尊！我於如來所說契經，不生疑惑。所以者何？一切如來，身語意業，無不清淨。世尊！此日月輪，可令墮落；妙高山王，可使傾動；諸佛所言，無有異也！
「大德」，是顯示佛的智慧福德究竟圓滿，含有極尊重的敬意。「契經」，是顯佛所說的教法，無不契理，契機。若不契理則失法之體，若不契機，則失法之用；故凡佛所說，皆能上契諸佛所證的真理，下契眾生的根機，因名契經。阿難能夠「於如來所說契經，不生疑惑」，主要原因是深信十方「一切如來身語意業，無不清淨」。眾生因意業不淨，充滿貪瞋癡，故身則殺盜婬，口則妄言綺語，兩舌惡口；特別是人皆為自己的利益，或為面子問題，往往顛倒是非，妄言誑語，欺騙對方。諸佛聖人，三惑盡，三德圓，故三業清淨，離諸過失，凡有所說，無不真實。如金剛經言：「如來是真語者，實語者，如語者，不誑語者，不異語者。」是以令人深信不疑。
世尊以下，是阿難舉喻以明其信心。妙高山，梵語須彌盧，譯為妙高，眾寶所成，為諸山之王，安然不動。日月宮殿，居於須彌山腰，繞須彌山而運行；除非壞劫三災起時，始可令日月墮落，令須彌山傾動。今阿難言：即使可以令天上的日月宮殿墮落，可以使妙高山王傾動，而他對諸佛所說契經的信心，亦不動搖，絕對不懷疑。
（３）不信之失
世尊！有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：云何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利。由此不信，反生誹謗，彼於長夜，失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮。
信有淺深，信而不解，是淺信；信而能解，謂之深信；深信則如樹生根，堅牢不移名為信根。阿難自己對佛所說，雖然深信不移，但又憂慮末法眾生，不能信受，反生誹謗，招致墮落。故對佛言：有很多眾生，因「信根不具」足，故「聞說諸佛甚深行處」，不能理解，心生疑惑，只憑自己妄想識心思惟：「云何但念藥師琉璃光如來一佛名號」，就可以獲得如是殊勝的功德利益呢？由於智慧淺薄，不能理解佛的境界，因此不信，反而生起誹謗之心，何止於生死長夜中，失去學習佛法的利益，並且因誹謗佛法的罪過，將要墮落諸惡趣中，流轉生死，受苦無窮。
（４）無疑免墮
佛告阿難：是諸有情，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者，無有是處。
由於阿難說出不信的過失，故佛接著告訴阿難：是諸有情，若果得聞藥師琉璃光如來名號，而能夠以清淨的信心，至誠恭敬的受持佛的聖號，不生起絲毫懷疑迷惑之心，則必蒙佛力加被，得生佛國，或生善處，不會再墮落惡趣受苦。如果說：至心受持藥師法門的人，還會「墮惡趣者」，是絕對不可能的，所以說：「無有是處」。
（5）能信希有
阿難！此是諸佛甚深所行，難可信解；汝今能受，當知皆是如來威力。阿難！一切聲聞、獨覺，及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，唯除一生所繫菩薩。阿難！人身難得，於三寶中，信敬尊重，亦難可得；聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是。
「此是諸佛甚深所行」，是指諸佛行願的功德，亦即是諸佛權實二智的境界。諸佛以實智證理，權智鑒機，然後從體起用，分身無量，於十方界，利樂有情；此等權實不二，真俗圓融，事理無礙，悲智雙運的事，既非一般凡夫所能想像，亦非二乘聖人，或權乘菩薩可能理解，故言「難可信解」。今阿難堅決言信，不過是憑佛威神之力，由尊敬而起信仰之心而已，并非對佛果功德親自體會如實信解。因為聲聞、緣覺二乘聖人，只斷見思煩惱，智慧有限，是無法理解佛所證、所行的境界。至於「未登地諸菩薩等」，是指別教地前菩薩；別教十信位菩薩，僅伏見思，位在外凡。初住只斷見惑，七住能斷思惑，八、九、十住斷界內麈沙，伏界外塵沙；十行斷界外麈沙，十回向始伏無明，皆在內凡位。此等三賢位菩薩無明未破，法性未顯，豈能如實際理地而信而解？即使登地菩薩，分斷無明，分證法身，雖能信解實理，但初地不知二地事，二地又不知三地的境界；既下地不知上地，又豈能得知，諸佛所行之處？故言：「皆悉不能如實信解。」
「唯除一生所繫菩薩」，指別教等覺菩薩。在別教言，斷盡十二品無明，便登妙覺位；一生所繫菩薩，已斷十一品無明，於四種變易生死中，仍有最後一番變易生死未了。四種變易生死是：
一方便生死：初二三地菩薩，為利益眾生，留惑潤生（即無明住地惑），方便示現有生死；滅此生死，可入四地。
二因緣生死：四五六地菩薩，由無明所生無漏有分別業，示現八相成道；滅此生死，可升七地。
三有有生死：七八九地菩薩，由前因緣感得變易異熟果，仍有後有的生死；滅此生死，可入十地。
四無有生死：即改變易脫，一期果謝，更無有生死。
今一生所繫菩薩，位居補處，是最後一種無有生死，此一生之後，即進入妙覺果位，完成佛道，再無生死矣！以其位與妙覺位相鄰，故「能如實信解」諸佛甚深所行。
在生死輪迴中的眾生，不止如實信解佛果功德難，就是敬信三寶亦難。尤其是欲界五趣雜居地，欲想保持人身不失，并不容易，故言：「人身難得」。
雖得人身，而能敬信三寶的人并不多，試看我們的世界，數十億人口中，敬信三寶的能有幾人？而敬信三寶的佛弟子中，得聞「世尊藥師琉璃光如來名號」，而又能至心誦念的人又有幾何？至於能如前文所說，如法受持藥師法門的人，更是少如鳳毛麟角了。是以釋尊告訴阿難，第一是得人身難，其次是敬信三寶難，再其次是得聞藥師如來的聖號難；有人得聞藥師佛聖號，又能至心稱念更難，若能進而依前文所說，如法受持藥師法門，恭敬供養三寶，讀誦思惟，為人演說，此藥師琉璃光如來本願功德經，當然是希有難得，能難可貴了！
（二）結佛德無盡勸人生信
阿難！彼藥師琉璃光如來，無量菩薩行，無量善巧方便，無量廣大願；我若一劫，若一劫餘，而廣說者，劫可速盡，彼佛行願，善巧方便，無有盡也。
此文顯示諸佛甚深行處，難可如實理解，不易信受的原因。因為藥師如來因中修行，無論是行菩薩道，是所發的大願，或是廣度眾生的善巧方便，悉皆無量無邊。無量菩薩行，唯是因行；無量善巧方便，通於因地果上，化物利生的方式；無量廣大願，則貫徹無量菩薩行，與無量善巧方便，總攝因果。藥師如來不僅是佛果上的善巧方便，無量無邊，說不能盡；即使是因中行菩薩道時的廣大行願，亦無量無邊，說不能盡。本經所說佛的本願功德，只是略說而已，若廣說之，即使用一劫的時間，或超過一劫的時間，亦說不能盡。因為劫所代表的時間雖長，但畢竟有盡時，而藥師佛的廣大行願，及其善巧方便，是無量無邊，無有窮盡，所以用語言解說是說不完的。
此顯示藥師佛的因行與果德，是廣大無涯，無有窮盡。因此，受持藥師法門的人，可以滅惡生善，可以增福延壽，可以消災解難，「凡有所求，悉皆稱遂」，是絕對真實的，我們應該信受奉行。這亦是釋尊說法的權巧方便，利用與阿難的問答，以解除眾生心中的疑惑，以助長我們的信心，勸導我們對於藥師法門，應該絕對相信，至心受持勿疑。
九、受持可延壽解難
（一）救病危得續命延年
爾時，眾中有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒右肩，右膝著地，曲躬合掌，而白佛言：
此是結集經者的敘述。當釋尊略結，藥師如來因地果上功德，皆無量無邊，說不能盡，勸人信受勿疑之時，法會大眾之中，有一位大菩薩，名曰救脫；顧名思義，可知這位大菩薩，常懷慈悲救苦之心，恆謀解脫眾生的災難，是以德立名。因為藥師法門，偏重於解救人間疾苦，消災免難，增福延壽，所以由救脫菩薩，來代佛宏揚消災延壽的法門，最為恰當。
即從座起等四句，是身業恭敬，白佛言是口業恭敬，當然由意業虔誠，然後策動於身口；三業恭敬，是在佛前問答一定的儀規。
（１）病危垂死
大德世尊，像法轉時，有諸眾生，為種種患之所困厄；長病羸瘦，不能飲食，喉唇乾燥，見諸方暗，死相現前，父母親屬，朋友知識，啼泣圍繞。
「大德世尊」，是救脫菩薩尊稱釋迦牟尼佛，「像法轉時」，是指末法時代。釋尊滅度後，由像法轉入末法時，魔強法弱，眾生福薄，善根淺，業障深，故常為種種禍患所困，苦惱不堪。諸眾生，是指人類眾生。「長病羸瘦，不能飲食，喉唇乾燥，」都是「死相現前」的症狀。依佛法言：病危的人，當死相現前，若見「諸方黑暗」，該是將墮落惡道的現象；當此將死之際，父母親屬等人，圍繞在病人床前，束手無策，唯有因內心無限的悲哀而啼泣。
（２）神識受審
然彼自身，臥在本處，見琰魔使，引其神識，至於琰魔法王之前。然諸有情，有俱生神，隨其所作，若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時彼王，推問其人，計算所作，隨其罪福，而處斷之。
彼垂死的人，自身臥在床上，前一剎那昏迷不覺，後一剎那，即見琰魔使者來「引其神識，至於琰魔法王之前」。根據佛經說：人的果報體五蘊色身是「本有」，當四大分散，色身壞滅時名「死有」，死已未生，於其中間是「中有」，中有壽盡，轉生他處是「生有」；如是四有循環不息，生死輪迴亦無了期。
本有隨眾生的業力不同，壽命長短亦不一；中有壽命，少則七日，多則四十九天，當然亦有例外的；生有與死有，則時間極短，但亦彼此互異。「神識」，是指中有；即俗人所謂靈魂，實則是「去後來先作主翁」的第八阿賴耶識。
法王有三種：一是推行十善，以正法治世的，名轉輪法王；二是鐵面無私，治理地獄眾生的，名琰魔法王；三是證實相理，於諸法得大自在的，名無上法王。今言琰魔法王，即是治理地獄眾生的法王，俗稱閻羅王；專執掌審判處理地獄眾生，罪福報應的職責。說其有福，但一日三時，烊銅灌口，自然現前，不免業苦；說其無福，則由共業增上，為執法王，管理地獄眾生，善惡苦樂，由他分配。
閻羅王審判眾生罪福輕重，全以「俱生神」的呈報為依據。俱生神，是眾生的第八阿賴耶識，此識常與眾生在一起，時刻不離；眾生日常一切善惡造作，皆印烙於此心識中，含藏不失，作為未來受報好醜的種子。臨命終時，一切善惡業相，即從此識心中顯現，琰魔法王隨之「推問其人，算計所作」善惡，而處斷其所應得的罪福報應。
（３）受持延命
時彼病人親屬、知識，若能為彼歸依世尊，藥師琉璃光如來，請諸眾僧，轉讀此經，燃七層之燈，懸五色續命神幡，或有是處，彼識得還。如在夢中，明了自見；或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知，善不善業，所得果報；由自證見，業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。
「時」，指垂死的人，諸根未壞，又未轉生之時，即阿賴耶識將離未離軀體之際。「七層之燈」，指燈有七層，每層七盞，共四十九盞；燃燈表示七佛如來，智光普照病苦眾生，令業障消除。
五色續命神幡，是用五色彩絹造成的長幡，幡中寫上藥師琉璃光如來的名號；懸幡表示佛建立法幢，既可以鎮壓諸惡鬼神，驅逐邪魔，又可以慈光加被病苦眾生，令病人在佛的智光照耀，及法幢高懸，慈威加被之下，可度諸苦厄，轉危為安，生命得以延續，因名「續命神幡」。故當病人垂危，神識昏迷時，若有親屬，或善知識，「能為彼歸依世尊，藥師琉璃光如來」，延請出家僧眾，讀誦此《藥師琉璃光如來本願功德經》，同時「燃七層之燈，懸五色續命神幡」，就可以承此功德，令彼垂死的人，神識可以還回色身中，令生命延長不死。不過，此是壽命未盡的病人，始可度過厄運，延續生命；若然壽盡命終的人，承此皈依誦經，燃燈造幡功德，只可增長善根，得生善處，生命是無法挽回的，故言：「或有是處，彼識得還。」
神識得還的人，對於自己曾經在琰魔法王處受審，以及親屬代為皈依，誦經，燃燈，造幡等事，如在夢中所見，心中明白了解。無論是經七日，或經三七，五七，七七日然後神識得還，彼識還時，皆如從夢中醒來，同時能記憶夢中所經歷的事，由是得知善與不善的業力，所得的果報，如影隨形，絲毫不爽。既然由自己親見，證明作如是業因，必招如是果報，而且是自作自受，無人或可代替；則今後自當改過自新，力行眾善，乃至生命受到威脅，大難臨頭，亦寧可犧牲性命，也不敢再造作種種惡業，免招致墮落惡道受苦。
綜上，可知病危續命之法是：一、親屬代為歸依藥師如來，二、請眾多僧人讀誦《藥師琉璃光如來本願功德經》；三、燃七層長明燈供佛；四、懸掛五色續命神幡。
（４）結勸受持
是故淨信善男子、善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養。
此是救脫菩薩，在介紹歸依誦經，燃燈造幡以延長壽命的法門後，結勸凡有善根，有信心的男女眾等，皆應該發心受持、稱念藥師琉璃光如來的名號，同時隨自己的力量所及，用種種香花燈果幢幡等物，恭敬供養藥師如來，以解救厄運，謀求增福延壽。
（二）供養修福解諸厄難
（1）藥師法門受持儀式
爾時，阿難問救脫菩薩曰：善男子，應云何恭敬供養，彼世尊藥師琉璃光如來？續命幡燈，復云何造？救脫菩薩言：大德！若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜，受持八分齋戒；應以飲食，及餘資具，隨力所辦，供養苾芻僧；晝夜六時，禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來。讀誦此經，四十九遍，燃四十九燈，造彼如來形像七軀，一一像前，各置七燈，一一燈量，大如車輪；乃至四十九日，光明不絕。造五色綵幡，長四十九搩手；應放雜類眾生，至四十九；可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持。
救脫雖然是悲心救苦的大菩薩，但是示現居士身，阿難雖屬小乘，卻是出家僧，故阿難稱救脫菩薩為善男子，而救脫菩薩稱阿難為大德。當救脫菩薩在佛前詳說救病危，應歸依誦經，燃燈造幡以延命，并結勸大眾受持之時，阿難為令末法眾生，明白受持的具體方法，特別提出請問救脫菩薩，關於病危的眾生，「應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來」？至於續命神幡及長明燈，又應該怎樣製造？
救脫菩薩答：若有病重的人，欲想脫離病苦，而自己又無能為力，親自受持藥師法門，則其眷屬應當為其病人，實行以下八種受持的方法：
一、在七日七夜中，受持八分齋戒。
二、應以飲食及一切資生之具，隨自己力量所能辦到的財物，用以供養出家僧人。
三、於晝夜六時禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來。
四、讀誦此本願功德經四十九遍。
五、燃四十九盞燈。
六、造彼藥師七佛如來的聖像，并於一一像前，各置七盞燈，且一一燈量大如車輪，在四十九日中，令其光明不絕。
七、造五色綵幡，長四十九搩手（即以手度物，成人的手伸張有六或七寸，四十九?手，約有三四丈長）。
八、應放雜類眾生至四十九（即每日放生一次，連續四十九天，或於四十九日中，放四十九類眾生）。
修以上八種功德，自然可以度過危險厄運的災難，不致被諸凶橫惡鬼所攝持，而得恢復健康，延長生命。
（2）受持八法解救國難
復次，阿難！若剎帝利灌頂王等，災難起時，所謂人眾疾疫難，他國侵逼難，自界叛逆難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情，起慈悲心，赦諸繫閉；依前所說供養之法，供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根，及彼如來本願力故，令其國界，即得安隱；風雨順時，穀稼成熟；一切有情，無病歡樂。於其國中，無有暴惡，藥叉等神，惱有情者；一切惡相，皆即隱沒。而剎帝利灌頂王等，壽命色力，無病自在，皆得增益。
剎帝利，是古印度四姓階級之一，專管國家軍政大事。灌頂王，古代太子受位時，用金瓶貯四大海的水灌其頂，然後策立為王，表示能統一天下，四海歸屬，等如現代帝國元首的加冕典禮。既為一國之主，其職責當然是保衛社稷，令國家富強，人民安樂。但若國王本身福薄障重，又不知推行德政，修福積德，則國家將災難頻生，民間禍患連連，屬於國難級的災害，有以下幾種：
一人眾疾疫難：即是國內疾疫流行，令人感染即死。例如傷風、感冒、霍亂、鼠疫、天花、白喉等病。進步國家，藥物發達，以上疾病多受控制；但落後國家，藥物缺乏，人民習慣既不清潔，又缺乏衛生設備，疾疫流行，最易感染，一旦染上疾病，小則妨礙工作，大則危害性命，可謂損民傷財，實在不幸，所以屬於國難。
二他國侵逼難：侵是侵犯國家土地，逼是逼害人民。若遇不守公約的野心家，侵犯國家主權，危害國民時，國王當然要發兵對抗；一旦發生戰爭，何止勞民傷財，并使生靈塗炭，民不聊生，亦是國難之一。
三自界叛逆難：即是國家內亂，起因有二，一是執政者多行不義，觸犯眾怒，導致群起反叛，謀求推翻暴政；其次是因一小撮野心家，想奪取政權，興兵作亂，二種都會禍國殃民，皆是國難。
四星宿變怪難：星宿是天上二十八星之一。天文學家名為恆星；其體光亮，其數甚多，照耀成群，難計其數，自然散佈於空中，疏密分合有一定的區域。今其散佈的區域，突然發生變化，象徵政權將變，國家多難，是不吉祥的預兆。
五日月薄蝕難：日是恆星之一，為太陽系中心，直徑約一百三十九萬一千公里，為地球的一百零九倍；質多金屬元素，表面溫度高達攝氏七千度，故為氣體狀態；其體光明熾熱，為其他恆星光與熱的來源。地球與之向背而為人間晝夜之分；環行其周，遂成四時。
月是地球的衛星，其表面凸凹不平，明暗不一，繞地球而轉，亦隨地球繞日而行；其體無光，因日有光。故其受日光照耀的一面，正向地球時，即是農曆月的十五，古名之曰望；背地球時，是農曆月的初一，古名為朔；斜向地球時，故有上弦月及下弦月之分。天文學家認為月繞地球，地球繞日，如朔望日適遇黃道白道相交，則日、月、地同在一直線上；在朔則月居地、日之間，月體蔽日，因見日蝕；在望則地居日、月之間，地影蔽月，因見月蝕。若朔望而黃白道不值交，或黃白道值交而不遇朔望時，則均不能相蝕。普通四次，最少兩次俱是日蝕，最多七次相蝕時，則日蝕佔五次，月蝕佔二次；或日蝕佔四，月蝕佔三。每十八年間日蝕四十一次，月蝕僅二十九次；唯日蝕僅能於一處見，月蝕則各地皆見，故就全球言：日蝕多於月蝕；若就一地方言：則月蝕多於日蝕。日月之蝕，原為天空的自然現象，不足構成災害；但若一旦變異，使天體混亂，則是不祥的先兆。
六非時風雨難：空氣的流動是風，迅速而有力；若然無風，則火煙直上，翳悶異常。最好是柔風、輕風，所謂：「微風徐來」，花草樹木，無不受惠，人亦心情舒暢。若遇強風，則植物受損，人畜不安；若遇烈風、颱風，豈獨植物受害，且摧毀人的房屋財產，更危害人的性命，而形成不可抗拒的災難。
雨，是雲間密度甚大，其中濕氣積成微細水滴，再漸次集合成較大水粒，其重量超越空氣之浮力，即下降成雨。雨少則旱，雨多成災。依佛經言：宇宙一切莫不有主，故風雨雷電，各有神靈專司其職。若然人間作善者眾，則諸鬼神，各守其職，令風雨調順，五穀豐收，民眾安樂。若國人作惡的多而行善者少，則天神震怒，諸惡鬼神，乘機作怪，不應風而風，不應雨而雨，形成水災、風災，即是非時風雨難。
七過時不雨難：過時不雨，便成旱災；不止五穀失收，且饑饉隨來，民生艱苦，導致社會不安，形成災害，亦是國難的一種。
以上七種災難中，前三種是人為的國難，屬於人禍；後四種是天時失利，屬於天災。當一個國家，陷於天災人禍，民不聊生時，身為國王大臣，誠應急思挽救。挽救之法有二：一是於一切有情，起慈悲心，「赦諸繫閉」；二是依前文所說：供養彼世尊藥師琉璃光如來。前者是悔過，後者是修善。前者是轉瞋恨心為慈悲心，以仁政代替暴政，以杜絕人為的禍患；後者是仰仗藥師如來的威德神力，消除共業，以避免天降的災害。因為牢獄所拘禁的，或是罪有應得，而今已悔過思善的人，或為暴政所害，枉受冤獄者；今大赦天下，令冤獄得申，罪犯的可以重新做人，實行德政，撫慰人民，自然可以避免他界侵逼，自界反叛的國難。
至於疾疫流行，星宿變怪，日月薄蝕，非時風雨，過時不雨等災害，皆眾生共業所感。今能受持藥師法門，供養三寶，改往修來，捨惡行善，則本此慈悲心的善根，以及三寶加被，藥師如來本願功德神力的扶持，則天災自消，遇禍成祥。不止「令其國界，即得安隱，風雨順時，穀稼成熟；一切有情，無病歡樂」，而且「於其國中」，再「無有暴惡藥叉等神，惱有情者」，至於前面所說的七種國難，「一切惡相」，亦皆得隱沒。
剎帝利灌頂王等，由於悔過修善，及受持藥師法門的善根功德，既可消除國家的災害與禍患，同時也增加自己的福力，故其「壽命色力，無病自在，皆得增益。」由是可知，受持藥師法門，何止可以消災解難，同時亦可以增福延壽。
（３）除眾病苦解脫厄運
阿難！若帝后妃主，儲君王子，大臣輔相，中宮綵女，百官黎庶為病所苦，及餘厄難；亦應造立五色神幡，燃燈續明，放諸生命，散雜色花，燒眾名香；病得除愈，眾難解脫。
「帝后」，是皇后，「妃主」，是皇后以外的其他妃嬪，「儲君」，是候補王位的太子，「王子」，是太子的兄弟輩，「大臣」，是國家重臣，「輔相」，是輔助大臣處理國家大事的高官，「中官」，是古之太監，專管理王宮事務。「婇女」，是王宮中照應帝王與后妃的女子，「百官」，指國家所有大小官員，公職人等。「黎庶」，是普通一般市民。不管上至貴為帝王后妃，百官大臣，下至農夫工人，或升斗市民，都是血肉之軀，原非鐵鑄，不能無病；一旦惡疾纏身，群醫罔效，真實是苦；何況人生之苦，不止於病，其他天災人禍，隨時可以降臨。若然不幸身遭病苦，或遇厄難的人，應該依照前文所說的八法，至心受持藥師法門，造幡燃燈，香花供養，誦經念佛，放生修福，承斯善根，及佛本願功德加持，即可消除病苦，解脫厄運，健康長壽。
（４）修諸福德可免九橫
爾時，阿難問救脫菩薩言：善男子，云何已盡之命，而可增益？救脫菩薩言：大德！汝豈不聞如來說，有九橫死耶？是故勸造續命幡燈，修諸福德；以修福故，盡其壽命，不經苦患。
阿難恐怕末法眾生，對於受持藥師法門，可以消災解難，增福延壽，懷疑不信。因為依據因果定律，人的壽命長短，皆由個人業力所定，誰也不能改變；為何受持藥師法門，可令死相現前的人，得延續壽命，甚至在四十九日中，神識仍可得還？故再次問救脫菩薩：「云何已盡之命而可增益？」
查實，死有多種，有人福壽俱盡而死，當然無法挽回性命；有人壽未盡福盡而死，則修諸福德可以補救，而得續命延年；有人福壽俱末盡，但被惡魔所纏，或遭厄難而橫死，則受持藥師法門，由自己善根力，及佛的本願功德力，就可消除業障，解脫厄難，而得增益壽命，不致橫死；正是善因得善果，并不違背因果定律。故救脫菩薩答言：「大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？」
釋尊曾說眾生有九種橫死，故受持藥師法門，可消災免難，延長壽命，正是對不該死而慘遭橫死的人而說。以是之故，救脫菩薩特別勸導眾生造續命神幡，與燃燈供佛，修諸福德。因為能修福積德的緣故，便可以享有其應得的壽命，不再經歷危險，受諸苦患。
阿難問言：九橫云何？救脫菩薩言：若諸有情，得病雖輕，然無醫藥及看病者，設復遇醫，授以非藥，實不應死，而便橫死。又信世間邪魔外道，妖孽之師，妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福祐，欲冀延年，終不能得；愚癡迷惑，信邪倒見，遂令橫死，入於地獄無有出期，是名初橫。
阿難又問：「九橫云何？」意思是：九橫是那幾種呢？救脫菩薩答：如果有人得病雖輕，但缺乏醫藥，又無人照顧；或遇庸醫，藥不對症，「實不應死」，而被誤殺橫死。
又有一種人，誤「信世間邪魔外道，妖孽之師，妄說禍福，」便生恐怖，心思搖動，不能把持自己正知正見，於是抽籤問卜，查問尋覓禍根，殺雞鴨牛羊種種眾生，祭祀鬼神，并稟奏神明，求呼諸魑魅魍魎，請乞消災賜福，保祐平安，欲想藉此冀望延年益壽，可惜「終不能得」遂其所願，反而因愚癡無智，顛倒迷惑，輕信邪師邪說，殺生作孽，「遂令橫死」，而且死後還要「入於地獄」受苦，「無有出期」，這種人就是九種橫死中的第一種。
二者、橫被王法之所誅戮。三者、畋獵嬉戲，耽婬嗜酒，放逸無度，橫為非人，奪其精氣。四者、橫為火焚。五者、橫為水溺。六者、橫為種種惡獸所噉。七者、橫墮山崖。八者、橫為毒藥、厭禱、?詛、起屍鬼等之所中害。九者、饑渴所困，不得飲食，而便橫死。是為如來略說橫死，有此九種，其餘復有無量諸橫，難可具說。
第二種橫死是：因為觸犯國法，被判死刑；或無罪而被冤枉，「橫被王法之所誅戮。」
第三種橫死是：因為喜歡打獵、嬉戲、酗酒、賭博，或耽戀婬欲，放縱自己，狂嫖爛賭，不知節制，過度消耗精力，被邪神惡鬼，乘虛而入，遂橫為非人的鬼神，奪其精氣而置於死地。
第四種橫死，是喪身火災。
第五種橫死，是被水溺斃。
第六種橫死，是橫為毒蛇蚖蠍，獅子虎狼種種惡獸所噉食。
第七種橫死，是因不小心，在山谷中，墮落懸崖峭壁，死於非命。
第八種橫死，是橫被毒藥、厭禱、咒詛、起屍鬼等所害致死。
第九種橫死，是為飢渴所困，不得飲食而死。無論是被他人拘禁，不得飲食，或自甘絕食，或因飢荒之年，缺乏飲食，皆因飢渴困乏以至壽末終而橫死。
以上九種都是意外身亡，不該死而死；此外，還有其他交通意外，飛機失事，地震山崩，令人意外喪命的，皆屬橫死，故言：「其餘復有無量諸橫，難可具說。」
（５）結勸受持免遭眾難
復次，阿難！彼琰魔王主領世間，名籍之記。若諸有情，不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於信戒；琰魔法王，隨罪輕重，考而罰之。是故我今，勸諸有情，燃燈造幡，放生修福，令度苦厄，不遭眾難。
最後，救脫菩薩重申琰魔王，賞善罰惡的職責，而勸導眾生止惡修善，免墮惡趣，遭受眾難。善之最，莫過於孝順父母，恭敬師長，供養三寶，己立立人；惡之極，是不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於性戒。
五逆是：一弒父，二弒母，三弒阿羅漢，四破和合僧，五出佛身血。殺害父母，背恩忘義，當然罪大惡極。而阿羅漢是出世聖人；和合僧，是修行辦道，續佛慧命的僧寶；佛是三界導師，四生慈父；皆人間福田，應該尊敬供養，今反而殺害聖人，或用不正當的手段，挑撥離間，令僧人煩惱，不能安心辦道，皆是罪惡中最重的罪惡。
出佛身血，是說提婆達多推石害佛，為護法神金剛寶杵所碎，碎石擊佛足趾出血；故凡是惡意害佛的事，都可說是五逆罪之一。
佛法僧三寶，是一切善法的大本營，是黑夜明燈，苦海慈航；如果有人蓄意破壞塔寺，燒毀經像，侮辱僧尼，即是「破辱三寶」，罪當墮落無間地獄。
古代君臣之法，等如現代國家的憲法，社會的秩序；若然有人故意觸犯法律，破壞秩序，擾亂治安，禍國殃民，即是「壞君臣法」，亦屬重罪。
戒有遮戒與性戒之別，遮戒，是佛所制遮止不得作之戒，或是國家規定應守的法律；性戒，是戒除人性中的惡法，例如殺、盜、婬、妄等是人性中的罪惡行為，無論受與不受佛戒，皆宜戒止，不應觸犯，犯之即是毀於性戒。
「不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於性戒」，皆是罪大惡極，犯之必墮無間地獄，所受之苦，是一切苦中之最。因此，救脫菩薩代佛勸導眾生，應當依前文所說受持之法，燃燈造幡，放生修福，香花供養，至心稱念藥師如來聖號，或恭敬讀誦《藥師如來本願功德經》，承此善根，可仰仗藥師佛的本願功德加被，即可消除業障，得度脫無間重罪，免被琰魔法王「考而罰之」的厄運，不再遭墮落地獄所受的眾多苦難。
或有人說，我一生從未犯罪，更不曾造五逆十惡的事，殊不知人的犯罪，有明知故犯，有不知而犯，或無意而觸犯，或今生雖未曾犯，而過去生中，或許已犯，誰能保證自己，過去多生多世中，不曾犯此重罪呢？
懺悔文說：「往昔所造諸惡業，皆由無始貪瞋癡。」人皆有貪瞋癡，故人皆曾經犯罪，然則由因招果，勢必難免墮落惡道，我們為了自救，也為了現生增福延壽，更為了來世得生佛國，誠應恭敬受持藥師法門。
十、藥叉神誓願護法
（一）藥叉大將感恩護法
爾時，眾中有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂；宮毘羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞爾羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毘羯羅大將；此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉，以為眷屬。
爾時，是當救脫菩薩，結束宣說藥師法門受持儀式，并勸導眾生志心受持，免遭眾難之時。在會聞佛說法的十二藥叉神將，因感佛法乳之恩，發大誓願，歸依三寶，護持流通此藥師法門。
藥叉，在六道中屬於鬼趣攝；但福報大，多住天上，或居深山，或居偏僻的海島。其性情有窮凶極惡的，也有良善和順的，溫純而善良的藥叉，都是信仰三寶，擁護佛法的護法神；例如毘沙門天王，所統領的藥叉神將，多是三寶弟子，且在佛教護法神中，佔有極重要的地位。此十二名藥叉，是眾多藥叉的首領，因名大將。
宮毘羅大將，譯名蛟龍，因其頂有金龍相，是住在印度王舍城郊區的一個山上，誠心擁護佛法。有一天，釋尊從靈鷲山下經過，提婆達多暗中從山上推落一塊大石，意欲害佛，被宮毘羅大將看見，即用金剛杵迎檔大石，石為之粉碎，只有一小塊碎石，落在佛的足上，佛的小趾微破出血，即是「出佛身血」的典故。
伐折羅大將，譯名金剛；迷企羅大將譯名金帶；安底羅大將，譯名破空山；頞爾羅大將，譯名沉香，珊底羅大將，譯名螺髮；因達羅大將，譯名主；波夷羅大將，譯名鯨；摩虎羅大將，譯名蟒蛇；真達羅大將，譯名一角；招杜羅大將，譯名嚴熾；毘羯羅大將，譯名工藝善巧。此十二藥叉大將，每位都有七千藥叉眾為其眷屬，都在此法會聞佛說法。
同時舉聲白佛言：世尊！我等今者，蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。隨於何等村城、國邑，空閑林中，若有流布此經；或復受持藥師琉璃光如來名號，恭敬供養者，我等眷屬，衛護是人，皆使解脫，一切苦難。諸有願求，悉令滿足；或有疾厄，求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結。
當時十二位藥叉大將，及其眷屬，同在佛前發聲宣誓，對釋迦牟尼佛說：「世尊！我等今者，蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。」藥叉既屬鬼趣攝，自然不免有惡趣的恐怖。藥師如來有無量功德，無邊願行，能令聞名者，即得消除業障，善根增長，所以當藥叉大將及其眷屬，得聞藥師如來的聖號之後，便不會再有惡趣的恐怖。因為欲報答佛恩，故發願「我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧；誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。」
藥叉大將及其眷屬，既親受佛法的利益，故發心盡形壽歸依三寶，守護佛法，還發願同心協力，為一切眾生盡種種義務，作種種利便，令一切眾生脫離苦厄，而得「饒益安樂」。無論任何國家，任何鄉村，任何城市，任何空間，甚至深山叢林，郊野之間，只要是有此《藥師琉璃光如來本願功德經》之處，或有人能恭敬供養，稱念受持藥師琉璃光如來的聖號，藥叉大將及其眷屬，悉皆保護守衛，此受持藥師法門的人，「皆使解脫一切苦難」，同時令諸有情，一切願望，一切所求，皆得稱心如意。
此外，或被惡病纏身的人，欲求度過厄運，解脫病苦，亦應該讀誦此「藥師琉璃光如來本願功德經」，同時用五種顏色的絲線，用梵文或中國文字，結成宮毘羅等十二藥叉大將的名字，直至得遂所願，疾病消除，度過厄難，然後將結解開。因為十二藥叉神將，與藥師如來因中所發的十二大願，有很密切關係。太虛大師說：十二神將，是佛果的化身，如西方極樂世界阿彌陀佛，欲令法音宣佈，而變諸眾鳥，晝夜六時，出和雅音，其音演暢，五根、五力、七菩提分、八正道分，如是等法，…令其土眾生，聞是音已，皆悉念佛、念法、念僧。今東方淨琉璃世界，藥師如來，欲令十二大願一一實現，而化作十二神將，守護保衛受持藥師法門的人，令得消災解難，增福延壽，以遂本願。是以疾病纏身的人，欲度苦厄，結成十二藥叉大將的名字，等如展示佛的十二大願。當然獲得藥師如來慈悲攝受，消除業障，即得解脫厄難，卻病延年，所求如意。
（二）釋尊讚勸利樂有情
爾時，世尊讚諸藥叉大將言：善哉！善哉！大藥叉將，汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂，一切有情。
當藥叉大將，發願歸依三寶，及護衛受持藥師法門的人，令除病苦，脫諸災難，得滿所願時，釋尊因為藥叉大將，既能上報佛恩，又能發願下濟有情，自利兼他，非常難得，故雙讚善哉，并結勸言：「汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者」，就應該時常如汝等所言：利益眾生，令一切有情，皆得安樂。
十一、問經名受持流通
（一）阿難請問經名
爾時，阿難白佛言：世尊！當何名此法門，我等云何奉持？佛告阿難：此法門名說藥師琉璃光如來本願功德，亦名說十二神將饒益有情結願神?，亦名拔除一切業障，應如是持。
以下是此經的流通分。欲想流通此經，當先得其名，使人易於記憶受持，以流通正法。故當佛讚勸藥叉大將，護法護人之時，阿難即請問釋尊：應當以何名，稱前面所說的法門？而「我等」現在法會大眾，以及將來末法時代的眾生，又應該「云何奉持」？故佛告阿難：此法門可有三種名稱：一名「說藥師琉璃光如來本願功德」，二亦名「說十二神將饒益有情結願神咒」，三亦名「拔除一切業障」。初名是從經的體相而立名，是顯示藥師如來依正莊嚴之體，及其因中本願與果上化物的功德之相而立名。其次是從利益眾生的妙用而立名，因為十二神將，誓願負荷有情，凡有所求，皆得稱遂，應驗神速，因名神咒。還有，受持藥師法門的人，可仰仗佛的本願功德，拔除一切業障，而得解脫眾苦，消災免難，增福延壽，是以第三名，是依據佛拔苦與樂的功德而立。「應如是持」，是佛叮嚀囑咐阿難，及我等末法眾生，應該如是從這三方面的理解去受持此經。
（二）大眾信受奉行
時薄伽梵說是語已，諸菩薩摩訶薩，及大聲聞、國王、大臣、婆羅門、居士、天、龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽、人、非人等，一切大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行！
此段經文是結集佛經的聖人，敘述佛說完此經時，法會所有人，及各種族類的眾生的反應情緒。經文除列出諸大菩薩，及小乘聖眾外，還舉國王、大臣、婆羅門、居士等，作為人眾的代表；天、指三界諸天人，龍是龍族眾生，藥叉是八部之一，健達縛，即乾達婆，譯名尋香，以香氣為飲食，是天帝釋主管樂器的大臣，天帝要演奏音樂，燒香時聞香即至。阿素洛，即是阿修羅，譯名非天，此類眾生，脾氣暴惡，瞋恨心重，有天人之福，無天人之德。揭路荼，又名迦樓羅，譯名金翅鳥，是大孔雀神。緊捺洛，即是緊那羅，譯名疑神，能歌善舞，是天帝釋的歌舞大臣，其形似人，唯頭生一角，故名疑神。莫呼洛伽，又名摩?羅伽，是大蟒蛇等變化成神的一類。菩薩、聲聞、國王等是人類；天龍八部等，屬於非人類。當世尊釋迦牟尼佛，說完此經時，在法會聽法的不管是人類或非人類，「一切大眾」，聞佛說完此經，無不「皆大歡喜」，樂意信受，依教奉行。
現在，我亦講完此經了，希望各位聽眾，也能法喜充滿，引發清淨的信心，依照此經中所說的方法，恭敬受持此藥師法門，以利己利人。因為藥師如來，本願弘深，功德廣大；無苦不拔，無樂不與，無難不救，無病不治，無災不消。既關懷人類現實生活的福樂與不幸，健康或疾病，更照顧人類來世的上升或下沉；願意消除眾生的疾苦，解除人類的災難，令人皆生活美滿，增福延壽；更樂意助長人類的智慧，恢復人類法身的健康，以及協助世人，開發如來藏性的功能，令所有眾生，都可以脫離生死苦海，共證無上菩提。所以我們無論是身病或心病；是內在煩惱，或是外來的苦難；是生理上的缺憾，或是心理上的毛病；是個人的禍患，或是家國的災害；不管是追求世間的壽命與財富，抑或是出世間的功德法財與法身慧命；但能依照本經中，釋尊所開示的受持方法，以及救脫菩薩所說的受持儀式去實踐，皈依三寶，誦經修福，燃燈供養，以及受持藥師琉璃光如來的聖號，皆得所求稱遂，如願以償。所以，各位聽眾，我們為了自己，也為了自己的家、自己的國、甚至為了全世界、全人類的和平與幸福，應該迅速歸投藥師如來座下，至心皈依，誠懇懺悔，恭敬受持藥師法門。
